بررسی توالی پروتئینی جدایههای مختلف ویروس برونشیت عفونی ایران با تجزیه فیلوژنی

بیماری برونشیت عفونی طیور یک بیماری مسری در جوجه های جوان است که علیرغم واکسیناسیون علیه آن گزارشاتی از از 13 S ژن S شیوع و ظهور ویروس جدید این بیماری در کشور مشاهده میشود. در این پژوهش توالی پروتئینی زیر واحد 1 سویه رفرنس با 15 جدایه ایرانی بدست آمده از بانک ژن مورد بررسی و مقایسه قرار گرفت. توالیها ی مورد بررسی با نرم افزار BioEditهمردیفی و ویرایش شد. ترسیم درخت فیلوژنی با نرم افزار MEGA4 و با استفاده از روش اتصال همسایه با1000Bootstrap ترسیم شد. نواحی بسیار متغییر در فاصله 105-56، 140-125 و 307-290 مشخص گردید. ناحیه حفاظت شده در فاصله اسیدهایآمینه 242 تا 256 شناسایی شد. با ترسیم درخت فیلوژنی این 24 سویه/جدایه به چهار خوشه اصلیIR-III ,china ,IR-II ,IR-I تقسیم شد. جدایه های IRFIBV(6,7,13,13b,20&31) در گروه استرالیایی(IR-I)و جدایه IRFIBV44در گروه ماساچوست(IR-II)و جدایه های IR-1062-GA ،IR-1061-PH ،IRFIBV(32, 35, 36, 41 &43) وIR-3654-VMدر گروه اروپایی(IR-III)خوشهبندی شد. تشابه بین جدایههای مختلف ایران بین99-70% بود که حداکثر آن ( 99 %) بین جدایه های IR-1061-PH و IR-1062-GA و حداقل آن ( 70 %) بین سویه IR-3654-VMبا IRFIBV44 بود. تشابه اغلب جدایههای ایرانی با سویههای ماساچوست 73-70% بود.تشابه بین جدایههای ایران با سویه های استرالیایی 79-72% و با سویههای اروپا 90-89% بود. به نظر میرسد عدم کارایی کامل واکسن در پیشگیری از شیوع بیماری میتواند بدلیل همولوژی پایین بین جدایههای ایران و سویههای تجاری واکسن و یا ایجاد ویروس جدید در اثرنوترکیبی و جهش باشد.

Keywords:

ویروس برونشیت عفونی , توالی پروتئین , درخت فیلوژنی , همولوژی