مقایسه بیوانفورماتیکی بین شاخص های ترجیح کدونی ژن های رمز کننده پمپ انتقال دهنده فلزات سنگین ( P1B-ATPase ) بین گیاهان و باکتری های مختلف

به منظور بررسی و مقایسه شاخص های ترجیح کدونی ژن های رمز کننده پمپ انتقال دهنده فلزات سنگین(p1B-ATPase) در گیاهان و باکتری های مختلف توالی نوکلئوتیدی ژن های مزبور از بانک اطلاعاتی EBI گرفته شد و از نظر شاخص های ترجیح کدونی توسط سایت codonw 4.1 مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته و باهم مقایسه شدند. نتایج نشان داد که اختلاف معنی دار ی در سطح 5% بین شاخص های T3 ، CAI ، CBI ، FOP ، ENc ، L-Sym و L-aa وجود دارد. به طور کلی شاخص های مانند CAI و FOP در باکتری ها بیشتر از گیاهان است که نشان دهنده میزان بیان بیشتر این ژن در باکتری ها هست. همچنین مشاهده شد که در گیاهان T و G دارای بیشترین فراوانی و در باکتری ها C و G دارای بیشترین فراوانی در کدون انتهایی هستند. تفاوت بین گیاهان و باکتری ها از نظر شاخص ENc نشان می دهد که باکتری ها دارای انحراف کدونی بیشتری نسبت به گیاهان هستند که می تواند ناشی از محتوای CG3 بیشتر آن ها باشد که دارای ضریب همبستگی مثبت تری نسبت به گیاهان می باشد.

Keywords:

ترجیح کدونی , فلزات سنگین , گیاهان , باکتری ها