آنالیز بیوانفورماتیکی توالی ژن CONSTANS در گیاه چغندرقند

Publish Year: 1394
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 840

This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

CRSTCONF01_651

تاریخ نمایه سازی: 27 اسفند 1394

Abstract:

نور منبع انرژی برای فتوسنتز میباشد. در پاسخ مؤثربه سیگنالهای نوری محیط، گیاهان تکاملیافته دارای سه گروه گیرنده نوری قرمز، قرمز دور و فیتوکروم های جذبکننده نور آبی و uv میباشند. فیتوکروم A و فیتوکروم B به شدت نور کم و زیاد قرمز دور،قرمز و کریپتوکروم ها بهشدت بالای سیگنال نور آبی حساس میباشند. ژن CONSTANS ( Co ( به خانواده فاکتورهای اختصاصی رونویسی انگشت روی در گیاهان تعلق دارند. ژنهای این خانواده یک یا دو دمین B-box انگشت روی در ناحیه انتهای آمینی و یک دمین CCT در قسمت انتهای کربوکسیلی دارند و بیان آنها تحت تأثیر گیرندههای نوری میباشد. فیتوکروم Bفراوانی mRNA ژن CO را تحت شرایط نور قرمز کاهش میدهد، اما فیتوکروم A باعث افزایش بیان ژن CO و توسعه گلدهی از طریق جلوگیری از عملکرد فیتوکروم B و مسیرهای ناشناخته مستقل از فیتوکروم B میشود. ژن CO دارای 21 همولوگ در چغندرقند میباشد که عناصر بالادست تنظیمی آنها در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 1022 نوکلئوتید از ناحیهبالادست جایگاه آغاز رونویسی تحت عنوان ناحیه پروموتری از پایگاه NCBI جداسازی شد. تعیین جایگاه احتمالی پروموتر توسط پایگاه softberry و آنالیز پروموترها توسط پایگاه های plantCARE ، Place و PLantPAN انجام شد. عناصر اصلی و مطرحدر پروموتر القاء شونده با فیتوکروم Aشامل GATA ، G-box ، SORLIP1 و SORLIP2 میباشند. یک واسط مهم برایفعال شدن فیتوکروم B ، پروتئین PIF3 است که جایگاه اتصال آن بر روی DNA ، توالی G-box میباشد. در بین 21 ژن همولوگ، ژنهای CO-LIKE 2 ، CO-LIKE 4 و CO-LIKE 7 دارای بیشترین پراکنش این عناصر بودند. این سه ژن هومولوگ دارای بیشترین جایگاه اتصال PIF3 میباشند، تعداد عناصر تنظیمی مربوط به فیتوکروم A و B در 21 همولوگ ژن CO متفاوت است و احتمالاً میزان تاثیر پذیری آن ها تحت تاثیر نور، بیشتر باشد.

Keywords:

ژن CONSTANS , فیتوکروم A و B , PIF3 , SORLIP , G-bo

Authors

مسلم حامی دهسردی

دانشجوی کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی دانشگاه بوعلی سینا

اصغر میرزایی اصل

استادیار گروه بیوتکنولوژی دانشگاه بوعلی سینا همدان

علی دلجو

دانشیار گروه بیوتکنولوژی دانشگاه بوعلی سینا همدان

احمد ارشادی

دانشیار گروه باغبانی دانشگاه بوعلی سینا همدان

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Borden KLB .(1998). RING fingers and B-boxes: zinc-binding protein-protein interaction ...
  • Chen M, Chory J, Fankhauser C (2004). Light signal transduction ...
  • Choi, G. Yi, H. Kwon, Y.K, et al. (1999). Phytochrome ...
  • Frankhauser, C. et al. PKS.)1333(. a substrate posphorylated by phytochrome ...
  • Garner MM, Revzin A .(July 1981). "A gel electrophoresis method ...
  • Hudson M E, Quail P H. (2003). Identification of Promoter ...
  • Kim, J.I. Shen, Y. Han, Y.J. Park, J.E. Kirchenbauer, D. ...
  • Littlewood, T. and Evan, G.I. (1998). He lix-Loop-Helix Transcription Factors, ...
  • Menkens AE, Schindler U, Cashmore AR (1995).The G-box: a ubiquitous ...
  • MART INEZ- GARCIA, J. F., HUQ, E. and QUAIL, P. ...
  • - Somers DE, Devlin PF, Kay SA.(1998). Phytochromes and cryptochromes ...
  • Strayer C, Oyama T, Schultz TF, Raman R, Somers DE, ...
  • Tepperman JM, Zhu T, Chang HS, Wang X, Quail PH.(2001). ...
  • Valverde F, Mouradov A, Soppe WJ, Ravenscroft D, Samach A, ...
  • Yanovsky MJ, Kay SA.(2003). Living by the calendar: How plants ...
  • نمایش کامل مراجع