بازسازی توالی های هاپلوتایپ با استفاده از روش های مبتنی بر گراف
Publish place: The first international conference of modern research engineers in electricity and computer
Publish Year: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 804
This Paper With 8 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
CBCONF01_1032
تاریخ نمایه سازی: 16 شهریور 1395
Abstract:
بازسازی توالی هاپلوتایپ یکی از موضوعات مهم در حوزه بیوانفورماتیک محسوب می شود. هاپلوتایپ ها حاوی اطلاعاتارزشمندی در خصوص بیماری های ژنتیکی بوده و از این جهت مورد توجه محققان می باشند. بازسازی هاپلوتایپ را می توانبصورت یک مسئله خوشه بندی دو کلاسه برای تعدادی رشته ورودی در نظر گرفت. وجود خطا در رشته ها و اطلاعات مفقودشده، به دشواری های کار می افزاید. تابحال الگوریتم های متعددی جهت حل مسئله ارائه شده واکثر آنها از مدل حداقلتصحیح خطا برای بازسازی استفاده کرده اند. در این مقاله، از الگوریتم رنگ آمیزی گراف جهت حل مسئله استفاده شدهاست. رویکرد اصلی ما در این مقاله، ساخت گراف دوبخشی و پیادهسازی سه مدل حذف حداقل فرگمنت ، بازسازی طولانیترین هاپلوتایپ و حداقل تصحیح خطا می باشد. نتایج حاصل از پیاده سازی این مدل ها بر روی مجموعه داده نشان می دهدکه مدل حداقل تصحیح خطا عملکرد مناسبی در بازسازی هاپلوتایپ داشته و نسبت به دو مدل حذف حداقل فرگمنت وبازسازی طولانی ترین هاپلوتایپ نتایج مناسبتری به دست می آورد.
Keywords:
Authors
فاطمه زمانی
دانشجوی کارشناسی نرم افزار، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه زنجان، زنجان
محمدحسین اولیایی
دانشجوی دکترای هوش مصنوعی، گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه زنجان، زنجان
علیرضا تیموری
استادیار گروه مهندسی کامپیوتر، دانشگاه زنجان، زنجان
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :