طراحی الگوریتمی جهت استخراج ORF ها درژنوم های پروکاریوتی

این الگوریتم پس از استخراج تمام orf های موجود. Orf های غیر همپوشان طولانی تر از یک سطح آستانه را که توسط کاربر تعیین می شود، را از بین orf های استخراج شد ه ، جدا میکند . الگوریتم پیشنهادی را به زبا ن ++C کدکرده و سپس آنرا بر روی ژنوم Ecoli آزمایش نموده و نتیجه با نرم افزار Glimmer مقایسه شده است و مشاهده شدکه روش ارائه شده در یافتن orf های بلندغیر همپ وشان دارای دقت بیشتری نسبت به Glimmer است . در آزمایش دیگر ازاطلاعات ارائه شده در GenBank استفاده شد و مشاهده شد که نزدیک به 90 درصد از orf های بلند غیر همپوشان بدست آمده ژن هستند. ازکاربردهای عمده این طرح یافتن orf ها بعنوان نامزدهای اولیه ژن و همچنین گرد آ وری اطلاعات لازم برای تعلیم الگوریتمهای یادگیری ماشینی به صورت خودآموز جهت انتخاب دقیق موقعیت ژنها است.

Keywords:

قالب خواندنی باز (orf) , قالب خواندنی (Prokaryotic gene prediction , Gene overlapping , (rf