هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری
Publish place: The Second National Conference on Science and Computer Engineering and Information Technology
Publish Year: 1395
Type: Conference paper
Language: Persian
View: 563
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
CECCONF02_020
Index date: 1 July 2017
هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری abstract
همتراز سازی چند توالی از مهمترین عناوین در تحقیقات زیستشناسی میباشد. همتراز سازی محلی پایه (Blast یک روش اکتشافی است که بهصورت گسترده بهعنوان یک ابزار همتراز سازی در بیوانفورماتیک استفاده میشود. الگوریتم BLAST موازی با کمک سکوی نگاشت کاهش یک روش ساده و موثر را ارایه نموده است که با افزایش حجم پایگاه داده و طول توالی درخواستی عملکردی بسیار خوب و نسبتا خطی دارد؛ اما محدودیت الگوریتم در سایزطولانیترین دنباله است که گسترش و محاسبهی یک عملیات تکراری را دنبال میکند. در این پژوهش مدلی به کمک روش حذف عملیات تکراری در الگوریتم BLAST موازی در راستای کاهش زمان پردازش شبیهسازی شده است. براین اساس برنامه مسیر گسترش قطعه توالی کشفشده همتراز در گسترش قبلی را ذخیره نموده و پیش ازگسترشهای بعدی، درصورتیکه تطابق با مسیر زیر بازه مشترک داشته باشد، اجازهی اجرای گسترش مجدد را بهآنها نمیدهد. نتایج شبیهسازی نشان میدهد به هر میزان طول بازه مشترک و تعداد توالیهای بین پایگاه داده و توالی درخواستی بیشتر باشد، روش پیشنهادی زمان پردازش کمتری خواهد داشت.
هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری Keywords:
هم ترازسازی چند توالیDNA به کمک مدل نگاشت کاهش در پردازش ابری authors
فایزه علی زاده گلستانی
دانشجوی کارشناسی ارشد رشته هوش مصنوعی دانشگاه خیام
تکتم غفاریان مبهوت
عضو هیات علمی گروه مهندسی کامپیوتر دانشگاه خیام
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :