مطالعه ساختار و عملکرد آنزیم آلفا آمیلاز با روشهای بیوانفورماتیکی

آمیلازها از مهم ترین آنزیم های مورد استفاده در صنعت هستند که از منابع مختلفی مانند گیاهان، جانوران و میکروارگانیسم ها مشتق می شوند. آلفا آمیلازهای میکروبی عمدتا از منابع قارچی و باکتریایی هستند و در صنایع مختلفی نظیر صنایع غذایی، نساجی، کاغذ و شوینده کاربرد دارند. برای تولید آنزیم آمیلاز جهت کاربردهای صنعتی، منابع میکروبی ترجیح داده میشوند زیرا مزایایی از قبیل تنوع ژنهای میکروبی در محیط زیست، فعالیت بالای آنزیمی در محدوده وسیعی از شرایط (PH، دما، فشار و غیره)، ساده و کم هزینه بودن روش تولید را دارا می باشند. در این پژوهش به منظور مطالعه ساختار آنزیم، مدلسازی آنزیم آلفا آمیلاز باکتریایی با استفاده از نرم افزار مدلر9.17 انجام شد که پس از انتخاب بهترین مدل، کمینه سازی انرژی و ارزیابی کیفی مدل توسط روشهای محاسباتی موجود انجام شد و در ادامه، جهت بررسی عملکرد آنزیم، میانکنش آن با سوبسترای مناسب نشاسته با نرم افزارهای داکینگ مورد بررسی قرار گرفت. این بررسی سبب شناسایی اسیدآمینه های مهم دراتصال آنزیم به نشاسته شد و نتایج نشان داد که مدل ارایه شده جهت بررسی میانکنش آنزیم- سوبسترا، مدل مطلوبی می باشد.

Keywords:

آلفا آمیلاز , مدل سازی(homology modelling) , مدلر(modeler) , داکینگ مولکولی