آنالیز Target scan در توالی های ژن های TLR انسان با برنامه پایتون و تایید آن بر اساس مدل بیماری کرون

گیرنده های تشخیص الگو (PRRs) از مهمترین اجزا سیستم ایمنی ذاتی انسان به شمار می آیند که فعال شدن آن ها پس از تماس با آنتی ژن باکتریایی و ویروسی، شروع یک سلسله فرایند های متوالی در پاسخ های فوری و اکتسابی به آن را در پی خواهد داشت. هرگونه اختلال در تنظیم میزان فعال شدن این سیستم موجب ابتلا به بیماری های خودایمنی (مانند کرون) و متعاقبا سرطان و از طرف دیگرابتلا به عفونت های مزمن می گردد. از مهمترین سیستم های تنظیم میزان بیان و رونویسی ژن ها میکروRNA ها (miRNA) که تا به امروز تعداد 22848 از miRNA ها با تاییدات آزمایشگاهی به عنوان تنظیم کننده های گیرنده های شبه تول (TLRs) به عنوان مهمترین اعضای PRRs معرفی گردیده است. با توجه به اهمیت TLRs در تعادل سیستم ایمنی در تحقیق حاضر با استفاده از آنالیز Target scan بر مبنای برنامه تنظیم شده در محیط برنامه نویسی پایتون انواع حالات اتصال miRNA و تارگت برای هر 10 عضو TLRs به کار گرفته شد. miRNA های کاندید بر اساس سایر پارامترهای اتصال با ژن هدف غربالگری گردید. جهت تایید نتایج بدست آمده از مدل بیماری کرون در نمونه های ترانسکریپتوم میکرواری موجود در دیتابیس array express به شماره ثبتE-MTAB-4371 استفاده گردید. نتایج بدست آمده از این آنالیز نشان داد که میزان بیان میکروRNA هایی بدست آمده د ربرنامه جستجوی هدف طراحی شده با پایتون به طور معنی داری در نمونه های بیماری کرون نسبتبه گروه کنترل بیان کمتری داشته اند. نتایج حاصل در مجموع نشان داد که متدولوژی بکار گرفته شده در تحقیق حاضر قابلیت تشخیص میکروRNAهای جدید برای TLRs ها را دارا بوده و می توانند در مطالعات آنتولوژی ژن بکار گرفته شود.

Keywords:

آنالیز تارگت اسکن , PRRs , TLRs , پایتون , بیماری کرون , میکرواری ,