از جمله آثار بر جا مانده از امام خمینی،
تفسیر قرآن می باشد. ایشان سه سوره از قرآن، یعنی: سورهای حمد و اخلاص و قدر را به صورت مستقل و به ترتیب آیاتشان،
تفسیر کردهاند ولی در
تفسیر سایر آیات قرآن، از آنجا که وی در مقام نگارش تفسیر، به صورت متعارف نبوده است از این رو؛
تفسیر ایشان در این آیات از نظم خاصی پیروی ننموده است. اصلی ترین
روش امام در تفسیرش، خصوصا در سه سوره یاد شده،
روش عرفانی است. اما ایشان علاوه براین روش، از شیوه های متنوعی چون:
تفسیر قرآن به قرآن و
تفسیر با سنت و استفاده از
روش های تطبیق و
روش کلامی و... بهره برده اند. از ابعاد و ویژگی های تفسیری وی می توان به اموری چون: بعد اخلاقی و هدایتی، طرح برخی از مباحث علوم قرآنی و... اشاره کرد.