رشد روزافزون جمعیت و توسعه صنعت تاثیر زیادی در افزایش مصرف آب داشته است. تغییر کاربری اراضی همراه با عوامل متعدد دیگر سبب تنزل کیفی آب رودخانه شده، بطوریکه وضع کیفی آب در پایین دست رودخانه بسیار نامطلوب میگردد. محل تخلیه جریان رودخانه زایندهرود، تالاب گاوخونی میباشد. رودخانه زاینده رود تحت تاثیر انواع آلایندهها قرار میگیرد و با انتقال آن به محیط پایین دست سبب آلودگی تالاب فراهم میآید. تالاب گاوخونی یکی از اجزای متنوع سیستم حوضه آبخیز رودخانه زاینده رود است که شکلگیری و حیات آن از هماهنگی تمام اجزاء سیستم پیروی مینماید. حوضه آبخیز رودخانه زاینده رود در بخش میانی فلات مرکزی ایران قرار دارد که مساحت آن 41524 کیلومتر مربع است که حدود 16670 کیلومتر مربع آن را مناطق کوهستانی و 24854 کیلومتر مربع آن را کوهپایه و دشت تشکیل میدهد که 476 کیلومتر مربع آن را تالاب گاوخونی با ارتفاع 1470 متر از سطح دریا شامل میشود و گودترین نقطه حوضه آبخیز رودخانه زایندهرود میباشد. بلندترین ارتفاع حوضه آبخیز زاینده رود در بخش غربی با ارتفاع 3974 متر از سطح دریا واقع شده است که جهت جریان سطحی رودخانه از سمت غرب به شرق و نهایتاً تالاب گاوخونی میباشد. علت تشکیل تالاب گاوخونی نیز قرار گرفتن در گودترین نقطه حوضه آبخیز بسته زایندهرود میباشد.