مهمترین نقش میکروارگانیسم ها در تغییر آلوده کننده ها، توانایی آنها در سم زدایی است. منظور از سم زدایی ایجاد تغییر در یک مولکول و تبدیل آن به یک ترکیب با خطر کمتر برای گونه های حساس می باشد از گونه ای حساس می توان انسان، حیوان، گیاه و یا میکروارگانیسم ها را نام برد. با اینکه سم زداها، ترکیبات آلی را برای انسان بی خطر می سازند اما اطلاعات بنیادی فراوانی وجود دارد که نشان میدهد سمیت را برای حیوانات و گیاهان نیز تغییر داده یا اصلاح می کنند. در مطالعات آلودگی محیط زیست در مورد سم زداهایی که آسیب به میکروارگانیسم ها را کاهش می دهند، کمتر کار شده است. سمزدایی در اثر تبدیل یک ترکیب سمی فعال به یک ترکیب غیر فعال بوجود می آید. از آنجا که سمیت به واکنشهای شیمیایی متعددی مربوط می شود، سم زدایی نیز واکنش های مختلف فراوانی را در بر می گیرد. در این مقاله سعی شده است تا روش های مختلف سم زدایی توسط میکروارگانیسم ها بطور مختصر توضیح داده شود.