تجزیه و تحلیل تبارزایی و تنوع ژنتیکی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در عراق براساس ژن V1

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus, TYLCV) از مهمترین بیمارگرهای مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری است. طی سال های 1395 - 1396، تعداد 393 نمونه گوجه فرنگی دارای علایم بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از شش استان مختلف عراق جمع آوری شد. در آزمون ساندویچ دوطرفه الایزا DAS-ELSA ، 55 نمونه 14 درصد با آنتی بادی های اختصاصی TYLCV واکنش مثبت نشان داد. پس از استخراج دی. ان. ا کل، آلودگی 21 از 55 نمونه با واکنش مثبت در الایزا به TYLCV با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) تایید و ژن پروتیین پوششی 16 V1جدایه از ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف شد. براساس همردیف سازی ترادف نوکلیوتیدی، بالاترین میزان یکسانی نوکلیوتیدی ژن پروتیین پوششی این جدایه ها 94/1 -99/6 درصد با جدایه های این ویروس از کویت (KJ830841) و عراق (JQ354991) تعیین شد. در تحلیل تبارزایی براساس ترادف نوکلیوتیدی V1، جدایه های عراق، بدون ارتباط با منشا جغرافیایی، در دو گروه و چهار زیرگروه قرار گرفتند. شاخص های تنوع ژنتیکی براساس این ناحیه ژنومی ویروس حاکی از وجود تنوع ژنتیکی زیاد در زیرجمعیت های عراقی بود. نسبت جانشینی های نامترادف به جانشینی های مترادف Pi(a)/Pi(s) کمتر از یک (<1) این ژن، نشان دهنده تاثیر فشار انتخابی منفی روی آن می باشد. همچنین جریان ژنی کمی بین دو زیرجمعیت مرکزی و جنوبی عراق تعیین شد که نشان دهنده تمایز ژنتیکی جدایه ها در این نواحی از کشور می باشد. این مطالعه اولین پژوهش در خصوص بررسی پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی TYLCV در عراق می باشد. تعیین ترادف نوکلیوتیدی ژنوم کامل جدایه ها به منظور تعیین سویه ویروس ضروری می باشد.

Keywords:

بگوموویروس , تنوع ژنتیکی , عراق , گوجه فرنگی