ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 9، Issue: 4
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 509
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JOAGK-9-4_007
Index date: 10 June 2019
ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq abstract
زیره سبز (Cuminum cyminum L.) گیاهی گلدار از خانواده چتریان (Apiaceae) است که بومی مناطق شرق مدیترانه تا هند میباشد. بهرغم اهمیت دارویی فراوان زیره سبز، اطلاعات بسیار اندکی از ژنوم و مکانیسمهای بیوشیمیایی ترکیبات موجود در این گیاه وجود دارد. در مطالعه حاضر جهت ارزیابی توالی رونوشت زیره سبز، از اندام گل (به دلیل تجمع بالای ترکیبات آلدئیدی و محل اصلی بیوسنتز آن)، جهت استخراج RNA از چهار نمونه و انجام آنالیزهای RNA-Seq استفاده شد. در نهایت، بیش از 153 میلیون خوانش به طول 50 باز از توالییابی این نمونهها حاصل شد. سرهمبندی خوانشها به منظور ایجاد رونوشتهای بیان شده توسط نرمافزار Trinity (نسخه 3 . 1 . 1) و با مقادیر kmer 25 و 32 انجام شد. بهترین سرهمبندی بر اساس کامل بودن توالی رونوشتها با استفاده از نرمافزار BUSCO (نسخه 3) شناسایی شد. بعد از سرهمبندی خوانشها 50973 توالی ژن (کانتیگ) با میانگین طول 725 باز و مقدار N50 برابر با 1136 باز به دست آمد. همچنین از این تعداد ژن، 53103 رونوشت شناسایی شد. از این تعداد، 35860 رونوشت دارای حداقل یک همولوگ در بانک اطلاعاتی Nr بودند. بیش از 7/66 درصد رونوشتها حداقل دارای یک همولوگ در بانک اطلاعاتی GO (فرآیندهای بیولوژیک، عملکردهای مولکولی و اجزاء سلولی) بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده مرتبط با تنظیم رونویسی و فعالیت های غشایی بودند. در مطالعه حاضر نخستین پروفایل توالی رونوشت در گیاه زیره گزارش شد که میتواند در مطالعات بعدی به منظور شناسایی ژنهای دخیل در مسیر بیوسنتزی ترکیبات ثانویه مختلف و دیگر مطالعات ژنتیکی در این گیاه مورد استفاده قرار گیرد.
ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq Keywords:
ارزیابی توالی رونوشت گیاه دارویی زیره سبز (Cuminum cyminum) با استفاده از RNA-Seq authors
داریوش صادقی
دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
سید محمدمهدی مرتضویان
دانشیار گروه علوم زراعی و اصلاح نباتات، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
محمدرضا بختیاری زاده
استادیار گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان دانشگاه تهران، تهران، ایران.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :