تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی

حسین محمدی; سید عباس رافت; حسین مرادی; جلیل شجاع

تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 9، Issue: 4

Publish Year: 1397

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 22 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/864861

Document National Code:

JR_JOAGK-9-4_010

Index date: 10 June 2019

تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی abstract

وزن بدن از مهمترین معیارهای تعیین کننده سود اقتصادی در صنعت پرورش گوسفند است. در مطالعات پیوستگی و انتخاب ژنومی تعیین میزان و گستره عدم تعادل پیوستگی (LD) در تشخیص تعداد نشانگر مورد نیاز و اندازه نمونه، اهمیت بسزایی دارد. علاوه براین، انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیونهای جدیدی که فقط در برخی از زیرجمعیتها سودمند هستند باعث باقی گذاشتن نشانههایی در سطح ژنوم میشود. اغلب این مناطق با ژنها و QTLهای مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. بنابراین، هدف این تحقیق مطالعه گستره LD و شناسایی مناطقی از ژنوم گوسفندان نژاد زندی با وزن بدن متفاوت بود که در طی سالهای مختلف به صورت مصنوعی یا طبیعی انتخاب شدهاند. بدین منظور، از 73 راس گوسفند زندی نمونه خون تهیه شد و با استفاده از آرایههای SNPChip 50K شرکت ایلومینا ژنوتیپ 54241 نشانگر بر مبنای آخرین نسخه Oar_4.0 ژنوم گوسفند تعیین شد. پس از مراحل کنترل کیفی، در نهایت 40879 نشانگر SNP مربوط به 71 حیوان آنالیز شدند. مقدار LD با محاسبه آماره r2 بین تمام جفت جایگاهها از طریق نرم افزار PLINK محاسبه شد. برای شناسایی نشانههای انتخاب بر پایه روشهای عدم تعادل پیوستگی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوتایپی بسط داده شده جمعیت تلاقی (XP-EHH) استفاده شد. در این مطالعه گستره مفید عدم تعادل پیوستگی در 40K برابر با 2/0 r2= برآورد شد. نتایج این تحقیق 10 منطقه ژنومی روی کروموزومهای 1، 2، 3، 5، 6، 9، 12، 13، 21 و 22 را شناسایی کرد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژنهای موثر بر صفات رشد، متابولیسم چربی، توسعه سیستم اسکلتی، متابولیسم انرژی و کیفیت گوشت مانند ژنهای FBP1، FAM184B، PKD2، FGF19، SPP1، MEPE، CAPN2 همپوشانی دارند.

تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی Keywords:

عدم تعادل پیوستگی , نشانه های انتخاب , آزمون XP-EHH , گوسفند زندی , وزن بدن

تخمین عدم تعادل پیوستگی و پویش کل ژنومی جهت شناسایی جایگاه های ژنی تحت انتخاب مرتبط با وزن بدن در گوسفندان نژاد زندی authors

حسین محمدی

دانش آموخته دکتری گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.

سید عباس رافت

استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.

حسین مرادی

استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، تهران، ایران.

جلیل شجاع

استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران.

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Abo-Ismail MK, Voort GV, Squires JJ, Swanson KC, Mandell IB, ...

Al-Mamun HA, Clark S, Kwan P, Gondro C (2015). Genome-wide ...

Barrett JC, Fry B, Maller J, Daly MJ )2005(. Haploview: ...

Bongiorni S, Mancini G, Chillemi G, Pariset L, Valentini A ...

Chen M, Pan D, Ren H, Fu J, Li J, ...

Chevin LM, Billiard S, Hospital F (2008). Hitchhiking both ways: ...

Cavanagh CR, Jonas E, Hobbs M, Thomson PC, Tammen I, ...

Campbell AW, Bain WE, McRae AF, Broad TE, Johnstone PD, ...

Denninger KC, Litman T, Marstrand T, Moller K, Svensson L, ...

De Roos AP, Hayes BJ, Spelman RJ, Goddard ME (2008). ...

Espigolan R, Baldi F, Boligon AA, Souza FRP, Gordo DGM, ...

Ensembl BioMart: Ensembl online genome data base BioMart Tool. http://www.ensembl.org/biomart/martview/. ...

Fariello MI, Servin B, Tosser-Klopp G, Rupp R, Moreno C, ...

Gholizadeh M, Rahimi Mianji G, Nejati Javaremi A (2014). Linkage ...

Guo H, Liu WS, Takasuga A, Eyer K, Landrito E, ...

GeneCards. http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl gene=STAT. ...

Iso-Touru T, Tapio M, Vilkki J, Kiseleva T, Ammosov I, ...

Jarvis JP, Scheinfeldt LB, Soi S, Lambert C, Omberg L, ...

Javanmard A, Mohammadabadi MR, Zarrigabayi GE, Gharahedaghi AA, Nassiry MR, ...

Jin CF, Chen YJ, Yang ZQ, Shi K, Chen CK ...

Kim H, Song KD, Kim HJ, Park W, Kim J, ...

Kijas JW, Johannes A, Ben Hayes L, Boitard S, PortoNeto ...

Kharitonenkov A (2009). FGFs and metabolism. Current Opinion in Pharmacology ...

Khodabakhshzadeh R, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh Koshkoieh A, Moradi-Shahrebabak H, Ansari ...

Khodabakhshzadeh R, Mohammadabadi MR, Moradi H, Esmailizadeh AK, Ansari NS ...

Khodabakhshzadeh R, Mohammadabadi MR, Moradi-Shahrebabak H, Esmailizadeh Koshkoieh A (2016a). ...

Khodabakhshzadeh R, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh Koshkoieh A, Moradi-Shahrebabak H, Bordbar ...

Lee SH, Choi BH, Lim D, Gondro C, Cho YM, ...

Li Y, Kim JJ (2014). Effective Population Size and Signatures ...

Liu S, He S, Chen L, Li W, Di J, ...

Mancini G, Gargani M, Chillemi G, Nicolazzi EL, Marsan PA, ...

Meadows JR, Chan EK, Kijas JW (2008). Linkage disequilibrium compared ...

Meuwissen THE, Hayes BJ, Goddard ME (2001). Prediction of total ...

Mishra C, Palai TK, Sarangi LN, Prusty BR, Maharana BR ...

Mohammadabadi MR, Sattayimokhtari R (2013). Estimation of (co) variance components ...

Mohammadi H, Moradi shahrebabak M, Sadeghi M (2011). Study and ...

Mousavizadeh A, Mohammadabadi MR, Torabi A, Nassiry MR, Esmailizadeh AK ...

Niu H, Zhu B, Guo P, Zhang W, Xue J, ...

Olsen HG, Hayes BJ, Kent MP, Nome T, Svendsen M, ...

Olivieri BF, Mercadante MEZ, Cyrillo JNdSG, Branco RH, Bonilha SFM, ...

Pritchard JK, Przeworski M (2001). Linkage disequilibrium in humans: models ...

Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, ...

Pitia AM, uchiyama K, Sano H, Kinukawa M, Minato Y, ...

Porto-Neto LR, Kijas JW, Reverter A (2014). The extent of ...

Qanbari S, Gianola D, Hayes B, Schenkel F, Miller S, ...

Sabeti PC, Reich DE, Higgins JM, Levine HZP, Richter DJ, ...

Sabeti PC, Scheffner SF, Fry B, Lohmueller J, Varilly P, ...

Sabeti PC, Varilly P, Fry B, Lohmueller J, Hostetter E, ...

Saatchi M, Schnabel RD, Taylor JF, Garrick DJ (2014). Large-effect ...

Scheet P, Stephens M (2006). A fast and flexible statistical ...

Soufy B, Mohammadabadi MR, Shojaeyan K, Baghizadeh A, Ferasaty S, ...

Teo YY, Fry AE, Clark TG, Tai ES, Seielstad M ...

Tizioto PC, Decker JE, Taylor JF, Schnabel RD, Mudadu, MA, ...

Toral PG, Hervás G, Suarez-Vega A, Arranz JJ, Frutos P ...

Utsunomiya YT, Perez O’Brien AM, Sonstegard TS, Solkner J, Garcia ...

UniProtKB Gene. http://www.uniprot.org/help/gene_name. ...

Wall JD, Pritchard JK (2003). Haplotype blocks and linkage disequilibrium ...

Weikard R, Goldammer T, Brunner RM, Kuehn C (2012). Tissue ...

Yang W, Qi Y, Fu J (2016). Genetic signals of ...

Zamani P, Akhondi M, Mohammadabadi MR (2015). Associations of Inter-Simple ...

Zhao FP, Wang GK, Zeng T, Wei CH, Zhang L, ...

Zhao FP, Wei CH, Zhang L, Liu JS, Wang GK, ...

Zhang S, Li H, Shi H (2006) Single marker and ...

نمایش کامل مراجع