مکان یابی ارتباطی صفات پومولوژیک انگور (Vitis vinifera L.) با استفاده از نشانگرهای ISSR

Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 558

This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JOPP-26-2_011

تاریخ نمایه سازی: 11 آبان 1398

Abstract:

سابقه و هدف: انگور یکی از مهمترین محصولات باغی است که به دلیل ارزش اقتصادی، دارویی و غذایی آن به طور گسترده کشت می شود. با توجه به اینکه ارزش اقتصادی یک رقم به صفات مختلف آن بستگی دارد، از این رو اطلاع دقیق از رفتار ژنتیکی و شناسایی مکان های ژنومی پیوسته با این صفات به اصلاح ارقام کمک خواهد نمود. در این مطالعه ارتباط و پیوستگی بین نشانگرهای ISSR با برخی صفات مهم پومولوژیک مانند عملکرد و صفات کیفی ارقام انگور آذربایجان غربی از طریق مدل ارتباط یابی MLM مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش ها: در این تحقیق از 45 رقم انگور زراعی موجود در کلکسیون مرکز تحقیقات کشاورزی و منابع طبیعی استان آذربایجان غربی استفاده گردید. صفات کیفی میوه در طی سه سال زراعی و در 10 تکرار اندازه گیری شدند. استخراج DNAی ژنومی بر اساس روش دویل و دویل (1987) انجام شد و از 17 نشانگر ISSR در واکنش PCR استفاده گردید. الگوی باندی حاصل، براساس وجود یا عدم وجود باند در نمونه ها، به صورت یک و صفر امتیازدهی شدند و ماتریس حاصل برای بررسی آنالیز آماری استفاده گردید. تجزیه موثر ساختار جمعیت با استفاده از روش Bayesian در نرم افزار Structure و شناسایی مکان های ژنی مرتبط با صفات مورد ارزیابی، بر اساس مدل MLM با استفاده از نرم افزار TASSEL انجام گرفت. یافته ها: بر اساس 17 نشانگر ISSR مورد استفاده در این مطالعه، ساختار ژنتیکی جمعیت به دو زیر جمعیت فرعی (2=K) تقسیم گردید. بر اساس نتایج ارائه شده در بارپلات 20 رقم (44/44 درصد) به ساختار اول، 17 رقم (78/37 درصد) به ساختار دوم و بقیه ارقام (78/17 درصد) به گروه با ساختار مخلوط تعلق داشتند. در این بررسی از 2775 جفت مقایسه نشانگر ISSR، 72/0 درصد، LD معنی داری نشان دادند (P ≤ 0.01). نتایج همچنین نشان داد که 12 نشانگر(مکان ژنی) ارتباط معنی داری(P ≤ 0.01) با صفات مورد ارزیابی نشان دادند که از این تعداد یک مکان (UBC825-4) برای TSS، یک مکان (UBC890-2) برای pH، 2 مکان (UBC817-2 و UBC825-5) برای وزن تک بذر، 2 مکان (UBC836-7 و UBC855-2) برای تعداد بذر، 3 مکان (UBC812-3، UBC817-4 و UBC864-2) برای عرض خوشه، 2 مکان (UBC817-4 و UBC864-2) برای وزن خوشه و یک مکان (UBC826-4) برای درصد تشکیل میوه در حالت گرده افشانی کنترل شده شناسایی شدند. نتیجه گیری: نتایج مطالعه حاضر کارایی استفاده از روش مکان یابی ارتباطی و مدل MLM در ارقام انگور مورد مطالعه را نشان می-دهد. برخی از مکان ها بین صفات مختلف مشترک بودند. شناسایی نشانگرهای مشترک اهمیت زیادی در به نژادی گیاهان دارد زیرا گزینش هم زمان چند صفت را امکان پذیر می سازند. مناطق ژنومی پیوسته با عوامل کنترل کننده صفات مورد نظر در این مطالعه می-توانند برای انتخاب به کمک نشانگر به منظور توسعه برنامه های مختلف اصلاح انگور استفاده شوند.

Authors

میترا رازی

گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

محمد اسماعیل امیری

گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه زنجان، زنجان، ایران

رضا درویش زاده

گروه اصلاح و بیوتکنولوژی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه

حامد دولتی بانه

مرکز تحقیقات کشاورزی آذربایجان غربی، ارومیه

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • Al-Maskri, A.H., Sajjad, M. and Khan, ...
  • S.H. 2012. Association mapping: a step ...
  • forward to discovering new alleles for ...
  • crop improvement. Int. J. Agric. Biol. ...
  • Ammiraju, J., Dholakia, B., Santra, D., ...
  • Singh, H., Lagu, M., Tamhankar, S., ...
  • Dhaliwal, H.S., Rao, V.S., Gupa, V.S. and ...
  • Ranjekar, P. 2001. Identification of inter ...
  • simple sequence repeat (ISSR) markers ...
  • associated with seed size in wheat. Theor. ...
  • Appl. Genet. 102: 5. 726-732. ...
  • Barnaud, A., Lacombe, T. and Doligez, ...
  • A. 2006. Linkage disequilibrium in ...
  • cultivated grapevine, Vitis vinifera L. ...
  • Theor. Appl. Genet. 112: 708-716. ...
  • Barnaud, A., Laucou, V., This, P., ...
  • Lacombe, T. and Doligez, A. 2010. ...
  • Linkage disequilibrium in wild French ...
  • grapevine, Vitis vinifera L. subsp. ...
  • Silvestris. Heredity. 104: 431-437. ...
  • Battilana, J., Lorenzi, S., Moreira, F.M., ...
  • Moreno-Sanz, P., Failla, O., Emanuelli, F. ...
  • and Grando, M.S. 2013. Linkage mapping ...
  • and molecular diversity at the flower sex ...
  • locus in wild and cultivated grapevine ...
  • reveal a prominent SSR haplotype in ...
  • hermaphrodite plants. Mol. Biotechnol. ...
  • Bradbury, P.J., Zhang, Z., Kroon, D.E., ...
  • Casstevens, T.M., Ramdoss, Y. and ...
  • Buckler, E.S. 2007. TASSEL: software ...
  • for association mapping of complex ...
  • traits in diverse samples. Bioinformat. ...
  • Buckler, E.S. and Thornsberry, J.M. ...
  • 2. Plant molecular diversity and ...
  • applications to genomics. Curr. Opin. ...
  • Plant. Biol. 5: 107-111. ...
  • Cabezas, J.A., Cervera, M.T., RuizGarcia, L., Carreño, J. and MartínezZapater, ...
  • seed and berry weight in grapevine. ...
  • Genome. 49: 1572-85. ...
  • Cardon, L.R. and Palmer, L.J. 2003. ...
  • Population stratification and spurious ...
  • allelic association. Lancet. 361: 598-604. ...
  • Chitwood, D.H., Ranjan, A., Martinez, ...
  • Kumar, R., Covington, M.F., Hatcher, ...
  • T., Naylor, D.T., Zimmerman, S., ...
  • Downs, N., Raymundo, N., Buckler, ...
  • E.S., Maloof, J.N., Aradhya, M., Prins, ...
  • B., Li, L., Myles, S. and Sinha, N.R. ...
  • 4. A modern ampelography: a ...
  • genetic basis for leaf shape and venation ...
  • patterning in grape. Plant Physiol. ...
  • Doerge, R.W. 2002. Mapping and ...
  • analysis of quantitative trait loci in ...
  • experimental populations. Nat. Genet. ...
  • Doligez, A., Bouquet, A., Danglot, Y., ...
  • Lahogue, F., Riaz, S., Meredith, C.P., ...
  • Edwards, J. and This, P. 2002. Genetic ...
  • mapping of grapevine (Vitis vinifera L.) ...
  • applied to the detection of QTLs for ...
  • seedlessness and berry weight. Theor. ...
  • Appl. Genet. 105: 780-95. ...
  • Doligez, A., Bertrand, Y., Dias, S., ...
  • Grolier, M., Ballester, J., Bouquet, A. ...
  • and This, P. 2010. QTLs for fertility in ...
  • table grapevine (Vitis vinifera L.). Tree. ...
  • Genet. Genom. 6: 413-422. ...
  • Doyle, J.J. and Doyle, J.L. 1987. A rapid ...
  • DNA isolation procedure for small ...
  • quantities of fresh leaf tissue. Phytochem. ...
  • Emanuelli, F., Battilana, J., Costantini, ...
  • L., Le Cunff, L., Boursiquot, J.M., This, ...
  • P. and Grando, M.S. 2010. A candidate ...
  • gene association study on muscat flavor ...
  • in grapevine (Vitis vinifera L.). BMC. ...
  • Plant. Biol. 10: 241. ...
  • Evanno, G., Regnaut, S. and Goudet, J. ...
  • 5. Detecting the number of clusters ...
  • of individuals using the software ...
  • STRUCTURE: a simulation study. Mol. ...
  • Ecol. 14: 2611-2620. ...
  • Fanizza, G., Lamaj, F., Costantini, L., ...
  • Chaabane, R. and Grando, M.S. 2005. ...
  • QTL analysis for fruit yield components ...
  • in table grapevines (Vitis vinifera). ...
  • Theor. Appl. Genet. 111: 658-664. ...
  • Fernandez, L., Le Cunff, L., Tello, J., ...
  • Lacombe, T., Boursiquot, J.M., ...
  • Fournier-Level, A., Bravo, G., Lalet, S., ...
  • Torregrosa, L., This, P. and MartinezZapater, J.M. 2014. Haplotype diversity ...
  • of VvTFL1A gene and association with ...
  • cluster traits in grapevine (V. vinifera). ...
  • BMC Plant Biol. 14: 209. ...
  • Fournier-Level, A., Le Cunff, L., ...
  • Gomez, C., Doligez, A., Ageorges, A., ...
  • Roux, C., Bertrand, Y., Souquet, ...
  • J.M., Cheynier, V. and This, P. ...
  • 9. Quantitative genetic bases of ...
  • anthocyanin variation in grape (Vitis ...
  • vinifera L. ssp. sativa) berry: a ...
  • quantitative trait locus to quantitative ...
  • trait nucleotide integrated study. Genet. ...
  • Fournier-Level, A., Huqueney, P., ...
  • Verries, C., This, P. and Aqeorqes. ...
  • 1. Genetic mechanisms underlying ...
  • the methylation level of anthocyanins in ...
  • grape (Vitis vinifera L.). BMC Plant ...
  • Grassi, F., Labra, M., Scienza, A. and ...
  • Imazio, S. 2002. Chloroplast SSR markers ...
  • to assess DNA diversity in wild and ...
  • cultivated grapevine. Vitis. 41: 157-158. ...
  • Gupta, P.K., Rustgi, S. and Kulwal, P.L. ...
  • 5. Linkage disequilibrium and ...
  • association studies in higher plants: ...
  • Present status and future prospects. ...
  • Plant. Mol. Biol. 57: 461-485. ...
  • Hittalmani, S., Huang, N., Courtois, B., ...
  • Venuprasad, R., Shashidhar, H.E., ...
  • Zhuang, J.Y., Zheng, K.L., Liu, G.F., ...
  • Wang, G.C., Sidhu, J.S., Srivantaneeyakul, ...
  • S., Singh, V.P., Bagali, P.G., Prasanna, ...
  • H.C., McLaren, G. and Khush, G.S. ...
  • 3. Identification of QTL for growth ...
  • and grain yield-related traits in rice ...
  • across nine locations of Asia. Theor. ...
  • Appl. Genet. 107: 679-90. ...
  • Houel, C., Bounon, R., Chaib, J., ...
  • Guichard, C., Peros, J.P., Bacilieri, R., ...
  • Dereeper, A., Canaguier, A., Lacombe, ...
  • T.N., Diaye, A., Le Paslier, M.C., ...
  • Vernerey, M.S., Coriton, O., Brunel, D., ...
  • This, P., Torregrosa, L. and AdamBlondon, A.F. 2010. Patterns of ...
  • sequence polymorphism in the fleshless ...
  • berry locus in cultivated and wild Vitis ...
  • vinifera accessions. BMC. Plant. Biol. ...
  • Huang, Y.F., Doligez, A., FournierLevel, A., Le Cunff, L., Bertrand, ...
  • Y., Canaguier, A., Morel, C., Miralles, ...
  • V., Veran, F., Souquet, J.M., Cheynier, ...
  • V., Terrier, N. and This, P. 2012. ...
  • Dissecting genetic architecture of grape ...
  • proanthocyanidin composition through ...
  • quantitative trait locus mapping. BMC. ...
  • Plant. Biol. 12: 30-59. ...
  • Lee, S.H. and Walker, D.R. 2008. ...
  • Association analysis using SSR markers ...
  • to find QTL for seed protein content in ...
  • soybean. Euphytica. 62: 179-191. ...
  • Lijavetzky, D., Ruiz-Garcia, L., ...
  • Cabezas, J.A., De Andres, M.T., Bravo, ...
  • G., Ibanez, A., Carreno, J., Cabello, F., ...
  • Ibanez, J. and Martinez-Zapater, J.M. ...
  • 6. Molecular genetics of berry colour ...
  • variation in table grape. Mol. Genet. ...
  • Genom. 276: 5. 427-35. ...
  • Lowe, K.M. and Walker, M.A. 2006. ...
  • Genetic linkage map of the interspecific ...
  • grape rootstock cross Ramsey (Vitis ...
  • champinii) × Riparia Gloire (Vitis riparia). ...
  • Theor. Appl. Genet. 112: 1582-1592. ...
  • Maccaferri, M., Sanguineti, M.C., Corneti, ...
  • S., Ortega, J.L.A., Ben Salem, M., Bort, J., ...
  • DeAmbrogio, E., del Moral, L.F.G., ...
  • Demontis, A., El-Ahmed, A., Maalouf, F., ...
  • Machlab, H., Martos, V., Moragues, M., ...
  • Motawaj, J., Nachit, M., Nserallah, N., ...
  • Ouabbou, H., Royo, C., Slama, A. and ...
  • Tuberosa, R. 2008. Quantitative trait loci ...
  • for grain yield and adaptation of durum ...
  • wheat (Triticum durum Desf.) across a ...
  • wide range of water availability. Genet. ...
  • Maccaferri, M., Sanguineti, M.C., ...
  • Demontis, A., El-Ahmed, A., Garcia del ...
  • Moral, L., Maalouf, F., Nachit, M., ...
  • Nserallah, N., Ouabbou, H., Rhouma, S., ...
  • Royo, C., Villegas, D. and Tuberosa, R. ...
  • 1. Association mapping in durum ...
  • wheat grown across a broad range of ...
  • water regimes. J. Exp. Bot. 14: 287-293. ...
  • Mackay, T.F., Stone, E.A. and Ayroles, ...
  • J.F. 2009. The genetics of quantitative ...
  • traits: challenges and prospects. Nat. ...
  • Rev. Genet. 10: 8. 565-577. ...
  • Mauricio, R. 2001. Mapping quantitative ...
  • trait loci in plants: uses and caveats ...
  • for evolutionary biology. Nat. Genet. ...
  • Oraguzie, N.C., Wilcox, P.L., Rikkerink, ...
  • E.H.A. and de Silva, H.N. 2007. ...
  • Linkage disequilibrium, Association ...
  • Mapping in Plants. Springer. New York. ...
  • Pasam, R.K., Sharma, R., Malosetti, M., ...
  • Van Eeuwijk, F.A., Haseneyer, G., ...
  • Kilian, B. and Garner, A. 2012. ...
  • Genome-wide association studies for ...
  • agronomical traits in a world wide ...
  • spring barley collection. BMC. Plant. ...
  • Pritchard, J.K., Stephens, M. and ...
  • Donnelly, P. 2000. Inference of ...
  • population structure using multilocus ...
  • genotype data. Genet. 155: 945-959. ...
  • Pritchard, J.K. and Donnelly, P. 2001. ...
  • Casecontrol studies of association in ...
  • structured or admixed populations. ...
  • Theor. Popul. Biol. 60: 227-237. ...
  • Rafalski, A. and Morgante, M. 2004. ...
  • Corn and humans: recombination and ...
  • linkage disequilibrium in two genomes of ...
  • similar size. Trends. Genet. 20: 103-111. ...
  • Reddy, M.P., Sarla, N. and Siddiq, E. ...
  • 2. Inter simple sequence repeat ...
  • ISSR) polymorphism and its ...
  • application in plant breeding. Euphytica. ...
  • Rezaeizad, A., Wittkop, B., Snowdon, ...
  • R., Hasan, M., Mohammadi, V., Zali, A. ...
  • and Friedt, W. 2011. Identification of ...
  • QTLs for phenolic compounds in ...
  • oilseed rape (Brassica napus L.) by ...
  • association mapping using SSR markers. ...
  • Euphytica. 177: 335-342. ...
  • Riaz, S., Krivanek, A.F., Xu, K., and ...
  • Walker, M.A. 2006. Refined mapping of ...
  • the Pierce’s disease resistance locus, ...
  • PdR1, and Sex on an extended genetic ...
  • map of Vitis rupestris × V. arizonica. ...
  • Theor. Appl. Genet. 113: 1317-29. ...
  • Rostok, N., Ramsay, L., MacKenzie, ...
  • K., Cardle, L. and Bhat, P.R. 2006. ...
  • Recent history of artificial outcrossing ...
  • facilitates whole-genome association ...
  • mapping in elite inbred crop varieties. ...
  • PNAS. 103: 18656-18661. ...
  • Semagn, K., Bjørnstad, A. and Xu, Y. ...
  • 0. The genetic dissection of ...
  • quantitative traits in crops. Elec. J. ...
  • Spataro, G., Tiranti, B., Arcaleni, P., ...
  • Bellucci, E., Attene, G., Papa, R., ...
  • Spagnoletti, Z.P. and Negri, V. 2011. ...
  • Genetic diversity and structure of a ...
  • worldwide collection of Phaseolus ...
  • coccineus L. Theor. Appl. Genet. ...
  • Tello, J., Torres-Perez, R., Grimplet, J. ...
  • and Ibanez, J. 2016. Association ...
  • analysis of grapevine bunch traits using ...
  • a comprehensive approach. Theor. Appl. ...
  • Genet. 129: 227-242. ...
  • This, P., Lacombe, T., Cadle-Davidson, ...
  • M. and Owens, C.L. 2007. Wine grape ...
  • Vitis vinifera L.) color associates with ...
  • allelic variation in the domestication ...
  • gene VvmybA1. Theor. Appl. Genet. ...
  • Tuberosa, R., Gill, B.S. and Quarrie, ...
  • S.A. 2002a. Cereal genomics: Ushering ...
  • in a brave new world. Plant. Mol. Biol. ...
  • Tuberosa, R., Salvi, S., Sanguineti, ...
  • M.C., Landi, P., Maccaferri, M. and ...
  • Conti, S. 2002b. Mapping QTLs ...
  • regulating morphophysiological traits ...
  • and yield in droughtstressed maize: case ...
  • studies, shortcomings and perspectives. ...
  • Ann. Bot. 89: 941-963. ...
  • Yu, J., Arbelbide, M. and Bernardo, R. ...
  • 5. Power of in silico QTL mapping ...
  • from phenotypic, pedigree and marker ...
  • data in a hybrid breeding program. ...
  • Theor. Appl. Genet. 110: 1061-1067. ...
  • Yu, J. and Buckler, E.S. 2006. Genetic ...
  • association mapping and genome ...
  • organization of maize. Curr. Opin. Plant. ...
  • Biol. 17: 155-160. ...
  • Vargas, A.M., Fajardo, C., Borrego, J., ...
  • De Andrés, M.T. and Ibanez, J. 2013a. ...
  • Polymorphisms in VvPel associate with ...
  • variation in berry texture and bunch ...
  • size in the grapevine. Aust. J. Grape. ...
  • Wine Res. 19: 193-207. ...
  • Vargas, A.M., Le Cunff, L., This, ...
  • P., Ibanez, J. and Teresa de Andres, ...
  • M. 2013b. VvGAI1 polymorphisms ...
  • associate with variation for berry traits ...
  • in grapevine. Euphytica. 191: 1. 85-95. ...
  • Ward, J.A., Bhangoo, J., FernandezFernandez, F., Moore, P., Swanson, ...
  • J.D., Viola, R., Velasco, R., Bassil, N., ...
  • Weber, C.A. and Sargent, D.J. 2013. ...
  • Saturated linkage map construction in ...
  • Rubus idaeus using genotyping by ...
  • sequencing and genome-independent ...
  • imputation. BMC Genom. 14: 2. ...
  • Zhang, Q., Wu, C., Ren, F., Li, Y. and ...
  • Zhang, C. 2012. Association analysis of ...
  • important agronomical traits of maize ...
  • inbred lines with SSRs. Aust. J. Crop. ...
  • نمایش کامل مراجع