شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
Publish place: Journal of Animal Production، Vol: 21، Issue: 2
Publish Year: 1398
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 507
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JAP-21-2_001
Index date: 9 November 2019
شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq abstract
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهم بندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بینژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناساییشده در دو گروه بینژنی و اینترونی به ترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنا دار بین دو گروه شد. بررسی جایگاه های ژنی lncRNAهای با تفاوت معنا دار، نشان داد که این ژنها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژن های GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها همسو با بیان lncRNAهای هم جوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنا دار داشتند. بررسی عملکردی این ژنها نشان داد که همگی در رشد عضله اسکلتی موثر هستند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد، lncRNAهای شناسایی شده، احتمالا پتانسیل تنظیم ژنهای درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و میتوانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهده شده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.
شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq Keywords:
شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq authors
سید نادر آلبوشوکه
استادیار گروه علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
محمدرضا بختیاری زاده
استادیار گروه علوم دامی پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :