تجزیه و تحلیل یکپارچه ی داده های ترانسکریپتوم در ارتباط با میان کنش گیاه آرابیدوپسیس تالیانا با باکتریهای محرک رشد گیاه

آرابیدوپسیس تالیانا (Arabidopsis thaliana) به خانواده Brassicaceae تعلق داشته و کوچکترین ژنوم شناخته شده گیاهی را دارا است. باکتری هایی که موجب افزایش رشد گیاه و عملکرد محصولات مهم زراعی میشوند اصطلاحا0 باکتریهای محرک رشد (PGPB) نامیده میشوند. یکی از روشهای مهم مطالعه ی ترانسکریپتوم میانکنشی ریزآرایی (Microarray) است. با توجه به وجود داده های بسیار مرتبط با انواع ریزآرائی در پایگاه های داده عمومی، یک راه حل موثر برای افزایش اندازه نمونه داده های ریزآرایی و دستیابی به نتیجه گیری معتبرتر و دقیق تر، ادغام داده های ریزآرایه از آزمایش ها و سیستم عامل های مختلف است. در این مطالعه داده های خام ریزآرائی حاصل از میانکنش دو باکتری افزایش دهنده ی رشد از جنس Pseudomonas و Paraburkholderia با آرابیدوپسیس تالیانا استخراج شد و از طریق دستورات مربوطه در نرم افزار R نرمال سازی و ادغام سازی شدند و سپس از طریق همین نرم افزار حذف batch effect انجام شد پس از مقایسه گروه کنترل (داده های بیانی گیاهان بدون تلقیح باکتری) و تیمار (داده های بیانی گیاهان تلقیح شده با باکتری های محرک رشد) لیست ژنهایی که با adj.P.Val<0.001 بیشترین افزایش بیان را نشان داده اند استخراج شد. نتایج نشان داد که 7 ژن درگیر در فرایندهای بیولوژیکی نظیر فسفریلاسیون پروتئینها، فتوتروپیسم، سیگنالینگ اسید جیبرلیک و پاسخ به استرس را نشان به صورت مشترک داری افزایش بیان هستند. فهم مکانیسم های مولکولی اساسی درگیر در میانکنش های یاکتریهای افزایش دهنده ی رشد و گیاه می تواند باعث طراحی راهکارهای مفید برای افزایش میزان محصول مهم زراعی از طریق تقلید عملکرد باکتریهای مفید و انجام دستکاریها ی ژنتیکی برای تغییر بیان ژنهای موثر شود.

Keywords:

آرابیدوپسیس تالیانا , باکتریهای محرک رشد گیاه , ریزآرایه , تلفیق