بررسی ساختار ژنومی جدایه های مراتع ایران و سویه آزمایشگاهی Sterne 34F2 باسیلوس آنتراسیس آرشیو شده در موسسه رازی با استفاده از RE-SNP تایپینگ

آنتراکس یک بیماری زیونوز بوده و عامل اتیولوژیک آن باسیلوس آنتراسیس می باشد. این باکتری از لحاظ ژنتیکی یکی از کم تنوع ترین گونه های باکتریایی شناخته شده است. تکنیک SNP ژنوتایپینگ امروزه به عنوان روش استاندارد در ساب تایپینگ سویه های باسیلوس آنتراسیس مطرح است..اVan Ert سیستمی مبتنی بر 13 مارکر SNP جهت مطالعات اپیدمیولوژی باسیلوس آنتراسیس معرفی کرد. این13 مارکر SNP که تحت عنوان SNP های استاندارد (canSNPs) می باشند، جایگاه های فیلوژنیک کلیدی را در درخت فیلوژنی باسیلوس آنتراسیس تشکیل می دهند. اخیرا روش های SNP ژنوتایپینگ مختلفی توسعه یافته اند که اکثر آنها پرهزینه می باشند. استفاده از آنزیم های محدود کننده جهت SNP ژنوتایپینگ یکی از مقرون بصرفه ترین روش هاست. دراین مطالعه یک روش SNP ژنوتایپینگ نوین با استفاده از آنزیم تیپ II ارایه شده است. در ابتدا تمام 16 جدایه باسیلوس آنتراسیس تحت مطالعه همراه با سویه استاندارد Sterne 34F2 در سیستم Van Ert مبتنی بر 13 لوکوس تکثیر و مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج حاصل از بررسی SNPs در جدایه های تحت مطالعه و سویه استاندارد با الگوی SNPs مربوط به مطالعه Van Ert مورد مقایسه قرار گرفتند. کلکسیون تحت مطالعه ما در سه دودمان A.Br001/002، A.Br008/009و A.Br Vollumجای گرفتند. لوکوس های A.Br002، A.Br004 و A.Br006 جهت هضم آنزیمی انتخاب شدند. آنزیم های محدود کننده مناسب برای این لوکوس ها به ترتیب BseYI، BsmI و BssSI تشخیص داده شدند. علت انتخاب این آنزیم ها حضور یا عدم حضور جایگاه برش در محل قرار گیری SNP در لوکوس های مربوطه می باشد. نتایج حاصل از هضم آنزیمی در این سه لوکوس، دو نوع الگو را نشان داد:I: 670 bp (A.Br 002) ،224 و 336 bp (A.Br 004) و 514 bp (A.Br 006) :II 322 و 348 bp (A.Br 002)، 560 bp (A.Br 004) و 514 bp (A.Br 006)آنزیم های محدودکننده کارایی و صرفه اقتصادی بالایی در SNP ژنوتایپینگ دارند. تکنیک RE-SNP تایپینگ ابزار مناسبی جهت ژنوتایپینگ و شناخت ارتباط تکاملی بین جدایه های باسیلوس آنتراسیس می باشد.کلید واژه ها: باسیلوس آنتراسیس، مولکولار تایپینگ، SNP ژنوتایپینگ، SNPs استاندارد، آنزیم محدود کننده