پایه گذاری پایگاه داده های ژن های پاسخ دهنده به تنش خشکی در برنج

برنج غذای اصلی نیمی از جمعیت جهان است. برنج برای رشد و نمو مناسب به آب فراوانی نیاز دارد و کاهش عملکرد به دلیل تنش خشکی از مجموع کاهش عملکرد به علت همه تنش های دیگر بیشتر است. همچنین برنج گیاه مدل بسیار مناسب به ویژه برای تک لپه ای ها و غلات محسوب می گردد. تا کنون، تعداد قابل توجهی از ژن ها، پروتیین ها و مسیرهای مرتبط با پاسخ به تنش خشکی در برنج شناسایی شده اند؛ اما همچنان فقدان یک پایگاه داده تخصصی که تمامی این اطلاعات را با امکانات مناسب در اختیار پژوهشگران قرار دهد، احساس می شود. در این پژوهش، ژن های پاسخ دهنده به تنش خشکی در برنج از طریق بررسی تمامی منابع موجود شامل مرور مقالات (490 ژن)، آنالیز داده های ریزآرایه (92403 ژن) و بررسی کتابخانه های EST (49 ژن) شناسایی شدند. در طراحی پایگاه داده از مدل رابطه ای استفاده شده است و پس از پیاده سازی آن، داده های پژوهش به پایگاه داده وارد شده اند. سامانه مدیریت پایگاه داده مبتنی بر فناوری مای اس کیو ال است. برنامه کاربردی تحت وب بر پایه فناوری جاوا طراحی شده و به عنوان خدمت دهنده برنامه کاربردی تحت وب، از فناوری تام کت استفاده شده است. در این پایگاه (ASRGC) قابلیت جستجوی ساده بر اساس نام ژن، خانواده ژنی و توالی و همچنین جستجوی پیشرفته بر اساس ویژگی های مختلف از جمله نوع بافت، دوره ی نموی، وابستگی به ABA و افزایش یا کاهش بیان ژن در شرایط تنش وجود دارد که آنرا منحصر به فرد می سازد. همچنین داده های پایگاه ASRGC بسیار جامع بوده، تعداد ژن هایی که به وسیله آن معرفی می شود بسیار بیشتر از پایگاه های مشابه است. شایان ذکر است این پایگاه بر روی سرور پژوهشکده راه اندازی شده و آماده بهره برداری است. امید است این پایگاه در درک بهتر سازوکار ژن های دخیل در پاسخ به تنش خشکی و طراحی راهکارهای هدفمند برای افزایش تحمل به خشکی گیاهان زراعی مفید واقع گردد.