مطالعه بیوانفورماتیک پروتئین های LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.)

مریم عبدلی نسب; مجتبی مرتضوی

مطالعه بیوانفورماتیک پروتئین های LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.)

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 13، Issue: 1

Publish Year: 1400

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 24 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1249069

Document National Code:

JR_JOAGK-13-1_008

Index date: 2 August 2021

مطالعه بیوانفورماتیک پروتئین های LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.) abstract

: پروتئینهای تجمعکننده در اواخر دوره جنینی (LEA) در کاهش صدمات سلولی در هنگام کمبود آب و جلوگیری از تودهای شدن پروتئینهای سلول در اثر تنش اسمزی و انجماد نقش دارند. افزایش بیان برخی ژنهای کد کننده این پروتئینها منجر به افزایش مقاومت به تنشهایی چون کمآبی، سرما و شوری در بسیاری از گیاهان شده است. تحلیل دادههای زیستی با کمک ابزارهای بیوانفورماتیک، نقش مهمی در بررسی ژنها و پروتئینها و پیشگویی کارکرد آنها در پاسخ به تنشها دارد . مواد و روش ها: در این تحقیق به منظور مطالعه پروتئینهای LEA در دو غله مهم جو و برنج (متحمل و حساس به تنش)، توالیهای مذکور از پایگاههای اطلاعاتی استخراج و با نرمافزار ClustalW درخت فیلوژنی رسم شد. پس از بررسی کلاسهای مختلف LEA در گروههای حاصله، پروتئینها با طول کوتاه حذف و تعدادی از پروتئینهای مختلف مربوط به کلاسهای پروتئینی متفاوت انتخاب گردید. اطلاعات مربوط به خصوصیات توالیها، موتیف آنها، پیشبینی جایگاه درون سلولی و آنالیز باندهای هیدروژنی و غیر هیدروژنی و بررسی فعالیت بیولوژیکی و مولکولی با استفاده از پایگاههای اطلاعاتی ProtParam، EXPASY، MEME، SMART، WoLF PSORT، PIC، WHAT IF و نرمافزار Blast۲GO به دست آمد. ساختار سه بعدی این پروتئینها با استفاده از نرم افزارDiscovery Studio ، HyperChem،MODELLER v.۱۰ و SPDBV مدلسازی گردید. نتایج: گروهبندی پروتئینها را در هفت گروه مجزا قرار داد که دهیدرینها بیشترین تعداد توالی را در برگرفتند. اکثر پروتئینها کوچک بوده و دارای وزن مولکولی کمتر از ۳۰ کیلودالتون میباشد. همچنین عموم توالیها دارای بار سطحی بالا میباشند که دلیلی بر آبدوستی و ساختار قابل انعطاف آنها جهت تشکیل ساختار چپرونی برای محافظت در برابر تنش میباشد. جایگاه درون سلولی آنها نشان داد که این پروتئینها در محل هسته سلول قرار دارند. بررسی موتیفها در گروههای مختلف نشانگر حضور مکانهای حفاظت شده در بین اعضای یک گروه میباشد. پیشبینی فعالیت مولکولی و بیولوژی توالیها، بیانگر نقش این پروتئینها به تفکیک گروههای حاصله در مقاومت به تنشها ازجمله تنش خشکی و فولدینگ از طریق فعالیت بایندینگ و یا کاتالیک میباشد. نتیجه گیری: گیاه جو به عنوان گیاه مقاوم به تنش عمدتا دارای توالیهای دهیدرین و گیاه برنج به عنوان گیاه حساس به تنش عمدتا توالیهای LEA۴ و LEA۲ را در بر دارند.

مطالعه بیوانفورماتیک پروتئین های LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.) Keywords:

برنج , پروتئین هایLEA , تنش , جو , مطالعات بیوانفورماتیک

مطالعه بیوانفورماتیک پروتئین های LEA درگیر در تحمل به تنش خشکی در جو (Hordum vulgare L.) و برنج (Oryza sativa L.) authors

مریم عبدلی نسب

استادیار گروه بیوتکنولوژی، پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم، تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان. کرمان، ایران.

مجتبی مرتضوی

پژوهشکده علوم محیطی، پژوهشگاه علوم و تکنولوژی پیشرفته و علوم محیطی، دانشگاه تحصیلات تکمیلی صنعتی و فناوری پیشرفته کرمان.

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

احسنی محمدرضا، محمدآبادی محمدرضا، اسدی فوزی و همکاران (۱۳۹۸) بیان ...

هادی زاده مرتضی، محمدآبادی محمدرضا، نیازی علی و همکاران (۱۳۹۲). ...

هادی زاده مرتضی، نیازی علی، محمدآبادی محمدرضا و همکاران (۱۳۹۳). ...

ReferencesAhsani MR, Mohammadabadi MR, Asadi Fozi M et al. (۲۰۱۹) ...

Allagulova CR, Gimalov FR, Shakirova FM, Vakhitov VA (۲۰۰۳) The ...

Amara I, Zaidi I, Masmoudi K, Ludevid MD et al ...

Battaglia M, Covarrubias AA (۲۰۱۳) Late embryogenesis abundant (LEA) proteins ...

Cao J, Li X (۲۰۱۴) Identification and phylogenetic analysis of ...

Chen ZQ, Liu Q, Zhu YS, Li YX (۲۰۰۲) Assessment ...

Close TJRD (۱۹۹۳) Fenton and F. Moonan “A View of ...

Cuming AC, Lane BG (۱۹۷۹) Protein synthesis in imbibing wheat ...

Du D, Zhang Q, Cheng T et al (۲۰۱۳) Genome-wide ...

Dure L, Crouch M, Harada J et al (۱۹۸۹) Common ...

Dure L (۱۹۹۳) Structural Motif in Lea Proteins, In: T. ...

Everitt BS, Landau S, Leese M, Stahl D (۲۰۱۱) Cluster ...

Gao J, Lan T (۲۰۱۶) Functional characterization of the late ...

Goyal K, Walton LJ, Tunnacliffe A (۲۰۰۵) LEA proteins prevent ...

Hadizadeh M, Mohammadabadi MR, Niazi A et al. (۲۰۱۳) Use ...

Hadizadeh M, Niazi A, Mohammadabadi MR et al. (۲۰۱۴) Bioinformatics ...

Hundertmark M, Hincha DK (۲۰۰۸) LEA (Late embryogenesis abundant) proteins ...

Ingram J, Bartels D (۱۹۹۶) The molecular basis of dehydration tolerance ...

Krüger C, Berkowitz O, Stephan UW, Hell RA (۲۰۰۲) Metal-binding ...

Liang Y, Xiong Z, Zheng J et al. (۲۰۱۶) Genome-wide ...

Magwanga RO, Lu P, Kirungu JN et al (۲۰۱۸) Characterization ...

Mertens J, Aliyu H, Cowan DA (۲۰۱۸) LEA proteins and ...

Mohammadabadi MR, Tohidinejad F (۲۰۱۷) Charachteristics determination of Rheb gene ...

Olvera-Carrillo Y, Luis RJ, Covarrubias AA (۲۰۱۱) Late embryogenesis abundant ...

Patil A, Nakamura H (۲۰۰۶) Disordered domains and high surface ...

Righetti PG, Tudor G, Ek K (۱۹۸۱) Isoelectric points and ...

Sasaki K, Christov NK, Tsuda S, Imai R (۲۰۱۴) Identification ...

Shimizu T, Kanamori Y et al (۲۰۱۰) Desiccation-induced structuralization and ...

Tolleter D, Hincha DK, Macherel DA (۲۰۱۰) mitochondrial late embryogenesis ...

Zhang JF, Deng XP, Mu XQ (۲۰۰۲) Plant aquaporin. Plant ...

نمایش کامل مراجع