سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی

Publish place: Journal of Veterinary Research، Vol: 76، Issue: 1
Publish Year: 1400
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 486

This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/1253307

Document National Code:

JR_JVR-76-1_015

Index date: 11 August 2021

طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی abstract

زمینه مطالعه:علی­رغم وجود واکسن­های کونژوگه ضد سویه­های هموفیلوس عفونت­های ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارت­های اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل می­کند. کارا نبودن واکسن های موجود ضد همه سویه ها می­تواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس موثر باشد. از نقاط ضعف این واکسن­ها می­توان به عدم پوشش اپی­توپ­های گوناگون از سویه­های هموفیلوس در واکسن­های موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعه­ای از پروتئین­های حراست­شده و مشترک در سویه­های تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپی­توپ­ها و طراحی واکسن­ ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپی­توپی موثر بر ضد سویه­های بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهره­گیری از رهیافت­های in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالی­های پروتئین­های مورد نظر از پایگاه­های داده بازیابی شدند و به منظور به دست­ آوردن مناطق حراست­شده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپی­توپ­های سلول­های B و T برای ۶ پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین­ غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP۶)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D۱۵  با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپی­توپ­های مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگی­های فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: ۶ اپی­توپ سلولCD۴+ T و ۳ اپی­توپ سلول B از ۶ پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابی­های ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپی­توپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که می­تواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجه­گیری نهایی: سازه پلی اپی­توپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک می­تواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.

طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی Keywords:

طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی authors

غلامرضا نیکبخت بروجنی

گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

فاطمه عباس آبادی

گروه میکروبیولوژی و ایمونولوژی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه تهران، تهران، ایران

رامین عبیری

مرکز تحقیقات باروری و ناباروی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه و گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

امیرهوشنگ الوندی

مرکز تحقیقات تکنولوژی پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه و گروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

فرهاد سالاری

گروه ایمونولوژی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه، کرمانشاه، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
ReferencesAgrawal, A., Murphy, T.F. (۲۰۱۱). Haemophilus influenzae infections in the ...
Ansari, H.R., Raghava, G.P. (۲۰۱۰). Identification of conformational B-cell Epitopes ...
Behrouzi, A., Bouzari, S., Siadat, S.D., Oloomi, M., Davari, M., ...
Garcia-Angulo, V.A., Kalita, A., Kalita, M., Lozano, L., Torres, A.G. ...
Hebditch, M., Carballo-Amador, M.A., Charonis, S., Curtis, R., Warwicker, J. ...
Kilian, M., Thomsen, B., Petersen, T.E., Bleeg, H. (۱۹۸۳). Molecular ...
Kumavath, R., Prasad, S., Devarapalli, P., Barh, D. (۲۰۱۴). In ...
Larsen, J.E.P., Lund, O., Nielsen, M. (۲۰۰۶). Improved method for ...
Li, W., Cowley, A., Uludag, M., Gur, T., McWilliam, H., ...
Lovell, S.C., Davis, I.W., Arendall, W.B., de Bakker, P.I., Word, ...
Madampage, C.A., Wilson, D., Townsend, H., Crockford, G., Rawlyk, N., ...
Mariani, M., Luzzi, E., Proietti, D., Mancianti, S., Casini, D., ...
Morris, S.K., Moss, W.J., Halsey, N. (۲۰۰۸). Haemophilusinfluenzae type b ...
Munson, R.S., Granoff, D.M. (۱۹۸۵). Purification and partial characterization of ...
Murphy, T.F. (۲۰۰۶). The role of bacteria in airway inflammation ...
Peltola, H. (۲۰۰۰). Worldwide Haemophilus influensetype b disease at the ...
Prasadarao, N.V., Lysenko, E., Wass, C.A., Kim, K.S., Weiser, J.N. ...
Prymula, R., Peeters, P., Chrobok, V., Kriz, P., Novakova, E., ...
Rana, R., Dalal, J., Singh, D., Kumar, N., Hanif, S., ...
Saha, S., Raghava, G. (۲۰۰۶). AlgPred: prediction of allergenic proteins ...
Sinigaglia, F., Hammer, J. (۱۹۹۴). Defining rules for the peptide-MHC ...
Tagawa, Y., Ishikawa, H., Yuasa, N. (۱۹۹۳). Characterization of an ...
Thomas, W.R., Flack, F.S., Callow, M.G., Chua, K.Y. (۱۹۹۲). A ...
Verma, S., Sugadev, R., Kumar, A., Chandna, S., Ganju, L., ...
Vitovski, S., Dunkin, K.T., Howard, A.J., Sayers, J.R. (۲۰۰۲). Nontypeable ...
نمایش کامل مراجع