انتخاب کوچکترین ابر رشته در DNA با استفاده از الگوریتم ازدحام ذرات
Publish place: Journal of Crop Breeding، Vol: 7، Issue: 15
Publish Year: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 106
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JCB-7-15_004
تاریخ نمایه سازی: 17 مهر 1400
Abstract:
یک رشته DNA را می توان رشته ای بسیار طولانی روی الفبایی با ۴ حرف در نظر گرفت. تعداد زیادی از دانشمندان سعی در رمزگشایی این رشته دارند. از آنجاییکه این رشته بسیار طولانی است، ابتدا بخش های کوتاه تری از آن که با هم همپوشانی دارند رمزگشایی می شود. البته مکان اصلی این بخش ها در DNA اصلی مشخص نیست. به نظر می رسد کوتاه ترین رشته ای که این بخش ها زیر رشته ای از آن می باشند تقریب مناسبی برای رشته DNA اصلی باشد. لذا این پژوهش بر آن است به ارائه یک الگوریتم تکاملی جهت انتخاب کوتاهترین ابررشته در یک DNA بپردازد. مسئله عملی مورد بحث در این پژوهش، مسئله کوتاه ترین ابررشته SSP۱ است. در این راستا، با استفاده از الگوریتم بهینه سازی ازدحام ذرات PSO۲ که در رده الگوریتم های تکاملی قرار دارد و با استفاده از زبان برنامه نویسی متلب نسخه R۲۰۱۱a به حل این مسئله پرداخته شد. در مقایسه با مسئله حل شده توسط الگوریتم ژنتیک، نتایج الگوریتم ازدحام ذرات روش برتری است.
Keywords:
DNA , Shortest Common Superstring , Particle Swarm Optimization Algorithm , DNA , کوتاه ترین ابررشته مشترک , الگوریتم بهینه سازی ازدحام ذرات
Authors
غلامعلی رنجبر
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
فاطمه خادمی آقمشهدی
دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :