مقایسه تنوع ژنتیکی ناحیه ۳′UTR جدایه های ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus) خراسان با جدایه های ایران و سایر نقاط دنیا
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 305
This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJPPS-52-2_010
تاریخ نمایه سازی: 30 بهمن 1400
Abstract:
ویروس سوختگی سیاه برگ چغندرقند (Beet black scorch virus, BBSV) ازجمله ویروس های خاک برد چغندرقند است. در این تحقیق، ۸۰ نمونه چغندرقند از مزارع خراسان رضوی و شمالی جمع آوری شد. پس از استخراج RNAی کل آن ها، ناحیه ۳'UTR ژنوم ویروس به تعداد ۳۱۵ نوکلئوتید با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز با رونویسی معکوس و بهره گیری از آغازگرهای اختصاصی رفت و برگشتی تکثیر شد. این ناحیه در شش جدایه مختلف پس از همسانه سازی، توالی یابی و در NCBI ثبت شدند. نتایج بررسی خویشاوندی این جدایه ها (بر اساس (۳'UTR با کل جدایه های ثبت شده در بانک جهانی نشان داد که آن ها در دو گروه عمده I و II قرار می گیرند به طوری که هر یک به دو زیرگروه تقسیم می شوند. شش جدایه این بررسی با ۲۳ جدایه از نقاط مختلف ایران در زیرگروه IA و چهار جدایه دیگر از خراسان در زیرگروه IB جای گرفتند. سه جدایه از کرمانشاه و یک جدایه از همدان (Ir-KSh۵,Ir-KSh۴ Ir-KSh۶ و Ir-Ha۲) در زیرگروه IIA قرار گرفتند. چهار جدایه از کرمانشاه Ir-KSh۹,Ir-KSh۸,Ir-KSh۷) و Ir-KSh۱۰) به همراه جدایه های چینی، اروپایی و آمریکایی زیرگروه IIB را تشکیل دادند. نتایج مقایسه نوکلئوتیدی توالی شش جدایه نشان داد که اگرچه تغییر نوکلئوتیدی مهم در موقعیت ۳۴۷۷ (یوریدین بجای گوانین) صورت نگرفته است، اما در موقعیت ۳۳۹۸ آدنین جایگزین گوانین و در موقعیت ۳۳۹۳ فقط در جدایه فریمان (MW۲۷۴۷۵۰) یوریدین بجای سیتوزین جایگزین شده است. نتایج مقایسه میانگین شباهت نوکلئوتیدی ناحیه ۳'UTR این جدایه ها نشان داد که با جدایه های ایرانی (به غیر از جدایه-های کرمانشاه با ۵۲/۹۲ درصد) در دامنه بین ۷۵/۹۸-۳۷/۹۷ درصد مشابهت دارند.
Keywords:
Authors
جمشید سلطانی ایدلیکی
مربی پژوهشی، بخش تحقیقات چغندرقند، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خراسان رضوی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج
محسن مهرور
دانشیار ،گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد،ایران
سید باقر محمودی
دانشیار، موسسه تحقیقات اصلاح و تهیه بذر چغندرقند، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :