مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq

فرزاد غفوری; مصطفی صادقی; ابوالفضل بهرامی; رستم عبدالهی آرپناهی; آرش جوانمرد; سید رضا میرائی آشتیانی

مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq

Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 52، Issue: 4

Publish Year: 1400

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

علوم پزشکی > زنان و زایمان

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1414493

Document National Code:

JR_IJAS-52-4_001

Index date: 9 March 2022

مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq abstract

انتخاب ژنتیکی برای افزایش تولید شیر و سودآوری اقتصادی در صنعت گاوهای شیری با کاهش عملکرد تولیدمثلی از جمله کاهش زنده مانی رویان و افزایش از دست رفتن آبستنی همراه بوده است. در پژوهش حاضر، هدف اصلی، استفاده از پروفایل ترانسکریپتوم بافت آندومتریوم و جسم زرد دو دسته از گاوهای شیری هلشتاین با باروری بالا و پایین، به منظور شناسایی ژن های موثر در حفظ باروری به ویژه اوایل دوره آبستنی است. در تجزیه داده های RNA-Seq برای مقایسه بیان ژنی، ۴۵۳۸ ژن استخراج شد که در مجموع ۱۴۶۶ ژن تفاوت بیانی معنی داری نشان دادند (P<۰.۰۰۰۰۰۱, Fold change<۰.۵). سپس با مقایسه ژن های مربوطه در میان پروفایل های ترانسکریپتوم، ژن های مشترک بین بافت آندومتریوم (روزهای هفت و ۱۳ چرخه فحلی) و جسم زرد (در روز ۱۳ چرخه فحلی) شامل ژنهای SYNM، PARM۱، NXPE۲، NT۵DC۳، COL۴A۳، COL۱۲A۱، ALPK۳، ADAMDEC۱، SERPINA۱۴، S۱۰۰A۹، PI۱۶، OAS۱X، MSTN، MASP۱، CD۸۳، CA۲، C۲، C۵، JSP.۱ و SAA۳ مشخص شدند. بررسی نتایج حاشیه نویسی این ژن ها ثابت کرد که در فرآیند اصلی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ مرتبط با سیستم حمل و نقل یونی، التهاب، عملکرد سیستم ایمنی بدن و ساختار ماتریس سلولی دارای نقش می باشند. پژوهش حاضر می تواند بینش جدیدی از شواهد مولکولی در راستای سازوکارهای زیستی پروفایل ترانسکریپتوم در محیط رحم و بیومارکرهای مرتبط با باروری در گاوهای شیری ارائه دهد.

مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq Keywords:

آندومتریوم , باروری , ترانسکریپتوم , جسم زرد , گاوهای هلشتاین

مقایسه پروفایل بیان افتراقی ژن های کاندیدا مرتبط با صفت باروری در گاوهای هلشتاین با استفاده از دیدگاه ترانسکریپتوم و مبتنی بر فناوری RNA-Seq authors

فرزاد غفوری

دانشجوی دکتری تخصصی، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

مصطفی صادقی

دانشیار، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

ابوالفضل بهرامی

دانش آموخته دکتری، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

رستم عبدالهی آرپناهی

محقق، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و علوم محیط زیست، دانشگاه جورجیا، جورجیا، ایالات متحده آمریکا

آرش جوانمرد

استادیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز، تبریز، ایران

سید رضا میرائی آشتیانی

استاد، گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

Andrews, S. (۲۰۱۰). FastQC: a quality control tool for high ...

Berry, D.P., Wall, E. & Pryce, J.E. (۲۰۱۴). Genetics and ...

Bisinotto, R.S., Ribeiro, E.S. & Santos, J.E.P. (۲۰۱۴). Synchronisation of ...

Blankenberg, D., Gordon, A., Von Kuster, G., Coraor, N., Taylor, ...

Bolger, A.M., Lohse, M. & Usadel, B. (۲۰۱۴). Trimmomatic: a ...

Butler, S.T. (۲۰۱۴). Nutritional management to optimize fertility of dairy ...

Butler, W.R. (۲۰۰۳). Energy balance relationships with follicular development, ovulation ...

Carroll, M.C. (۲۰۰۸). Complement and humoral immunity. Vaccine, ۲۶, I۲۸-I۳۳ ...

Cerri, R.L.A., Thompson, I.M., Kim, I.H., Ealy, A.D., Hansen, P.J., ...

Cochran, S.D., Cole, J.B., Null, D.J. & Hansen, P.J. (۲۰۱۳). ...

Connor, E.E., Siferd, S., Elsasser, T.H., Evock-Clover, C.M., Van Tassell, ...

Davis, J.S., Rueda, B.R. & Spanel-Borowski, K. (۲۰۰۳). Microvascular endothelial ...

De Vries, A. (۲۰۰۶). Economic value of pregnancy in dairy ...

Fiems, L.O. (۲۰۱۲). Double muscling in cattle: genes, husbandry, carcasses ...

Fonseca, L.F.S., dos Santos Silva, D.B., Gimenez, D.F.J., Baldi, F., ...

Forde, N., Simintiras, C.A., Sturmey, R., Mamo, S., Kelly, A.K., ...

Funeshima, N., Tanikawa, N., Yaginuma, H., Watanabe, H., Iwata, H., ...

García-Pelagio, K.P., Muriel, J., O'Neill, A., Desmond, P.F., Lovering, R.M., ...

Gecaj, R.M., Schanzenbach, C.I., Kirchner, B., Pfaffl, M.W., Riedmaier, I., ...

Ghafouri, F., Sadeghi, M., Bahrami, A. & Miraei Ashtiani, S.R. ...

Granger, B.L. & Lazarides, E. (۱۹۸۰). Synemin: a new high ...

Hernández-Montiel, W., Martínez-Núñez, M.A., Ramón-Ugalde, J.P., Román-Ponce, S.I., Calderón-Chagoya, R. ...

Höglund, J.K., Sahana, G., Guldbrandtsen, B. & Lund, M.S. (۲۰۱۴). ...

Kadri, N.K., Sahana, G., Charlier, C., Iso-Touru, T., Guldbrandtsen, B., ...

Khatkar, M.S., Randhawa, I.A.S. & Raadsma, H.W. (۲۰۱۴). Meta-assembly of ...

Kim, D., Pertea, G., Trapnell, C., Pimentel, H., Kelley, R. ...

Locatelli, Y., Forde, N., Blum, H., Graf, A., Piégu, B., ...

Lucy, M.C. (۲۰۰۱). Reproductive loss in high-producing dairy cattle: where ...

Lutwak-Mann, CE. (۱۹۵۵). Carbonic anhydrase in the female reproductive tract. ...

Mansouri-Attia, N., Aubert, J., Reinaud, P., Giraud-Delville, C., Taghouti, G., ...

Min, L., Cheng, J., Zhao, S., Tian, H., Zhang, Y., ...

Mondal, S. & Prakash, B.S. (۲۰۰۲). Comparison of luteal function ...

Moore, S.G., Pryce, J.E., Hayes, B.J., Chamberlain, A.J., Kemper, K.E., ...

Moran, B., Butler, S.T., Moore, S.G., MacHugh, D.E. & Creevey, ...

Murata, E., Kozaki, S., Murakami, T., Shimizu, K., Okada, A., ...

Neuvians, T.P., Berisha, B. & Schams, D. (۲۰۰۴). Vascular endothelial ...

Otto, P.I., Guimarães, S.E., Verardo, L.L., Azevedo, A.L.S., Vandenplas, J., ...

Padua, M.B. & Hansen, P.J. (۲۰۱۰). Evolution and function of ...

Pescucci, C., Mari, F., Longo, I., Vogiatzi, P., Caselli, R., ...

Pritchard, T., Coffey, M., Mrode, R. & Wall, E. (۲۰۱۳). ...

Raven, L.A., Cocks, B.G., Goddard, M.E., Pryce, J.E. & Hayes, ...

Robinson, M.D., McCarthy, D.J. & Smyth, G.K. (۲۰۱۰). edgeR: a ...

Robinson, R.S., Hammond, A.J., Wathes, D.C., Hunter, M.G. & Mann, ...

Rodriguez-Martinez, H., Hultgren, J., Båge, R., Bergqvist, A.S., Svenssson, C., ...

Sahana, G., Guldbrandtsen, B., Bendixen, C. & Lund, M.S. (۲۰۱۰). ...

Sarkar, M., Schilffarth, S., Schams, D., Meyer, H.H.D. & Berisha, ...

Sherman, B.T. & Lempicki, R.A. (۲۰۰۹). Systematic and integrative analysis ...

Spencer, T.E., Sandra, O. & Wolf, E. (۲۰۰۸). Genes involved ...

Sugino, N. & Okuda, K. (۲۰۰۷). Species-related differences in the ...

Thatcher, W.W., Santos, J.E.P., Silvestre, F.T., Kim, I.H. & Staples, ...

VanRaden, P.M., Sanders, A.H., Tooker, M.E., Miller, R.H., Norman, H.D., ...

Walsh, S.W., Williams, E.J. & Evans, A.C.O. (۲۰۱۱). A review ...

Wang, Y., Han, X., Zhang, L., Cao, N., Cao, L. ...

Yassin, M., Kissow, H., Vainer, B., Joseph, P.D., Hay-Schmidt, A., ...

Yoshioka, S., Abe, H., Sakumoto, R. & Okuda, K. (۲۰۱۳). ...

Zhang, H., Wei, Y., Zhang, F., Liu, Y., Wang, H., ...

Zolini, A.M., Negrón-Pérez, V.M. & Hansen, P.J. (۲۰۱۹). Importance of ...

Zonuzagh, J.J., Shahrbabak, M.M. & Nejati-Javaremi, A. (۲۰۲۰). Transcriptome profile ...

نمایش کامل مراجع