تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم های ژن های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده های RNA-Seq
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 277
This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JASR-10-4_003
Index date: 15 March 2022
تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم های ژن های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده های RNA-Seq abstract
باقیمانده خوراک مصرف شده (RFI) تفاوت بین مقدار واقعی خوراک مصرف شده با مقدار مورد انتظار آن در هر دام می باشد. انتخاب برای بهبود بازده خوراک دام از طریق RFI به دلیل استقلال فنوتیپی آن از وزن متابولیکی بدن و افزایش وزن بدن پیشنهاد شده است. جهت کشف ارتباط بین ساختار بیان ژن ها و ایزو فرم های مرتبط با آن ها و همچنین نقش تنظیمی آن ها در باقیمانده خوراک مصرف شده در مرغ، پروفایل ترانسکریپت های کبد در سن ۴۲ روزگی در دو گروه مرغان بومی اصفهان و مرغان سویه راس مورد بررسی قرار گرفت. باقیمانده خوراک مصرف شده جوجه های بومی اصفهان و سویه راس به ترتیب(+۱۳.۴۳۰±۵.۳۹۳ g/day) و(-۱۱.۲۱۲±۴.۴۳۵g/day) بود. آنالیز تفرقی بیان با استفاده از بسته نرم افزاری Cuffdiff (v۲.۲.۱) برای بیش از ۴۵۰۷۰ ایزو فرم مربوط به ۱۹۰۰۳ ژن انجام شد. طبقه بندی ایزو فرم های بر اساس نتایج Cuffcompare تعداد ۱۶۱۲۱ ایزو فرم در مرغ بومی اصفهان کاهش بیان نشان دادند و ۲۸۹۴۹ ایزو فرم افزایش بیان نشان دادند. از کل ایزو فرم های شناسایی شده ۲۱۰۸۱ ایزو فرم جدید بودند. ۲۰۶ ایزو فرم تغییر بیان یافته بین مرغ سویه راس و مرغ بومی اصفهان شناسایی شد. از بین این ایزو فرم ها، در مرغ بومی اصفهان نسبت به مرغ سویه راس، تعداد ۱۲۶ ایزو فرم مربوط به ۹۹ ژن کاهش و ۸۰ ایزو فرم مربوط به ۵۵ ژن، افزایش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل عملکردی ژن ها نشان داد ایزو فرم های کاهش بیان یافته ی گونه بومی عمدتا در فرآیندهای زیستی مختلف ازجمله واکنش دهی به استرس، پاسخ به ترکیب حاوی اکسیژن، واکنش دهی به چربی، توسعه ارگان های حیوان، واکنش دهی به مواد مغذی، واکنش دهی به سیتوکین ها، پاسخ به سطوح تغذیه، فرآیند بیوسنتز مولکول های تکی، فرآیندهای بیوسنتز چربی ها و فرآیندهای تنظیم ارگانیزم های چندگانه نقش داشتند. شناسایی ژن های اختلاف بیان یافته و ایزو فرم های آن ها بین جوجه های دو نژاد منجر به شناسایی ژن های کاندید مهم برای برنامه های به نژادی، ازجمله RSAD۲، IL۱۵، EGR۱ و DUSP۱۶ شد. این ژن ها می توانند با باقیمانده بالاتر نژاد بومی مرتبط باشند.
تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم های ژن های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده های RNA-Seq Keywords:
تجزیه و تحلیل پروفایل بیان ایزو فرم های ژن های مرتبط با باقیمانده خوراک مصرف شده در کبد مرغ بومی اصفهان و مرغ سویه راس با استفاده از داده های RNA-Seq authors
حمیدرضا ایزدنیا
دانشگاه فردوسی مشهد
مجتبی طهمورث پور
دانشگاه فردوسی مشهد
محمدرضا بختیاری زاده
دانشگاه تهران
محمدرضا نصیری
دانشگاه فردوسی مشهد
سعید اسماعیل خانیان
موسسه علوم دامی کشور
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :