مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف

قباد جلالی; امیر لکزیان; علیرضا آستارایی; محبوبه مظهری

مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف

Publish place: Journal of soil Biology، Vol: 10، Issue: 1

Publish Year: 1401

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 17 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1423833

Document National Code:

JR_SBJ-10-1_004

Index date: 5 April 2022

مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف abstract

تغییر کاربری اراضی یکی از مهمترین فاکتورهایی است که جوامع ریزجانداران خاک را تحت تاثیر قرار داده که نقش محوری در اکثر فرایندهای بیوژئوشیمیایی و اکولوژیکی ایفا می کنند. به منظور بررسی تاثیر تغییر کاربری اراضی (از مراتع بوته زار به کشاورزی) روی ترکیب جوامع باکتریایی خاک، مطالعه ای با استفاده از آنالیز تفکیک پذیری بالای ذوب (HRM) و روش ژل الکتروفورز با شیب واسرشتساز (DGGE) در سه کاربری اراضی باغی، زراعی و مرتع بوته زار در دشت جیرفت انجام شد. برای آنالیز HRM از نرم‎ افزار جانبی دستگاه Real-time PCR که مجهز به این تکنیک است، استفاده شد. DGGE با استفاده از سیستم جهانی تشخیص جهش انجام شد. نتایج تکنیک HRM و همپنین نتایج رج بندی با استفاده از روش مقیاس بندی چند بعدی غیرمتریک (NMDS) و بر پایه حضور یا عدم حضور باندهای DGGE در نمونه های خاک نشان دادند که تغییر کاربری اراضی از مراتع بوته زار به کشاورزی (باغ و زراعی) سبب تغییر معنی دار در ترکیب جوامع باکتریایی خاک شده است. همچنین با توجه به نتایج هر دو روش، ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربریهای اراضی کشاورزی (باغ و زراعی) نسبت به کاربری مرتع بوته زار دارای شباهت بیشتری بود. از آنجایی که آنالیز HRM در مقایسه با تکنیک DGGE کم هزینهتر، راحتتر و دارای انحراف کمتر میباشد، جهت مقایسه ترکیب جوامع باکتریایی خاک بین نمونه های مختلف پیشنهاد میشود.

مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف Keywords:

DNA ژنومی خاک , ۱۶S rDNA باکتریایی خاک , Real-time PCR , مقیاس بندی چند بعدی غیرمتریک (NMDS)

مقایسه روش های HRM و DGGE جهت بررسی ترکیب جوامع باکتریایی خاک در کاربری های اراضی مختلف authors

قباد جلالی

استادیار گروه علوم خاک- دانشگاه جیرفت

امیر لکزیان

استاد گروه علوم خاک- دانشگاه فردوسی مشهد

علیرضا آستارایی

دانشیار گروه علوم خاک- دانشگاه فردوسی مشهد

محبوبه مظهری

استادیار دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی- دانشگاه آزاد اسلامی واحد کرج

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

بنایی، ح.م. ۱۳۸۰. نقشه منابع و استعداد خاک‎های ایران. موسسه ...

طباطبایی، م. و پورمظاهری، ه. ۱۳۹۱. متاژنومیکس و کاربرد آن ...

نوری دلویی، م.ر. و فرجی، ک. ۱۳۹۴. فن ذوب DNA ...

Ahmad Suleiman A.K., Pylro V.S., and Wurdig Roesch L.F. ۲۰۱۷. ...

Bevivino A., Paganin P., Bacci G., Florio A., Pellicer M.S., ...

Bossio, D.A., Girvan, M.S., Verchot, L., Bullimore, J., Borelli, T., ...

Bouyoucos G.J. ۱۹۶۲. Hydrometer method improved for making particle size ...

Bremner J.M. ۱۹۶۰. Determination of nitrogen in soil by the ...

Crecchio, C., Gelsomino, A., Ambrosoli, R., Minati, J.L. and Ruggiero, ...

De Lipthay, J.R., Enzinger, C., Johnsen, K., Aamand, J., and ...

Ding, G.C., Piceno, Y.M., Heuer, H., Weinert, N., Dohrmann, A.B., ...

Fierer N., Jackson J.A., Vilgalys R., and Jackson R.B. ۲۰۰۵. ...

Foti M., Sorokin D.Y., Lomans B., Mussman M., Zacharova E.E., ...

Govaerts B., Mezzalama M., Unno Y., Sayre K.D., Luna-Guido M., ...

Helmke P.A., and Sparks D.L. ۱۹۹۶. Lithium, sodium, potassium, rubidium, ...

Hernesmaa, A., Björklöf, K., Kiikkilä, O., Fritze, H., Haahtela, K., ...

Hjelms M.H., Hansen L.H., Blum J., Feld L., Holben W.E., ...

Hoshino, Y.T., and Matsumoto, N. ۲۰۰۷. DNA- versus RNA-based denaturing ...

Hu J., Lin X., Wang J., Dai J., Chen R., ...

Kent, A.D., and Triplett, E.W. ۲۰۰۲. Microbial communities and their ...

Knauth S., Schmidt H., and Tippkootter R. ۲۰۱۲. Comparison of ...

Kolb S., Knief C., Stubner S., and Conrad R. ۲۰۰۳. ...

Lauber C.L., Ramirez K.S., Aanderud Z., Lennon J., and Fierer ...

Lauber C.L., Strickland M.S., Bradford M.A., and Fierer N. ۲۰۰۸. ...

Lindsay W.L., and Norvell W.A. ۱۹۷۸. Development of a DTPA ...

Liu, E., Yan, C., Mei, X., He, W., Bing, S.H., ...

Loeppert R.H., and Suarez, D.L. ۱۹۹۶. Carbonate and gypsum. In: ...

Long, L.K., Yao, Q., Guo, J., Yang, R.H., Huang, Y.H., ...

Marschner P., Yang C-H., Lieberei R., and Crowley D.E. ۲۰۰۱. ...

Muyzer, G., de Waal, E.C., and Uitterlinden, A.G. ۱۹۹۳. Profiling ...

Nakatsu, C.H. ۲۰۰۷. Soil microbial community analysis using denaturing gradient ...

Olsen S.R., and Sommers L.E. ۱۹۸۲. Phosphorus. In: Page A.L. ...

Rhoades J.D. ۱۹۹۶. Salinity: Electrical conductivity and total dissolved solids. ...

Ritz, K., Mac Nicol, J.W., Nunan, N., Grayston, S., Millard, ...

Shen, J.P., Zhang, L.M., Guo, J.F., Ray, J.L., and He, ...

Smit, E., Leeflang, P., Gommans, S., van den Broek, J., ...

Soni R., and Goel R. ۲۰۱۰. Triphasic approach to assessment ...

Tao, S.Q., Xia, Q., Zhu, L., Chen, J.J., Wang, Y.N., ...

Tebbe C.C., and Schloter M. ۲۰۰۷. Discerning the diversity of ...

Thomas G.W. ۱۹۹۶. Soil pH and soil acidity. In: Sparks ...

Wakelin, S.A., Macdonald, L.M., Rogers, S.L., Gregg, A.L., Bolger, T.P., ...

Walkley A., and Black I.A. ۱۹۳۴. An examination of the ...

Wallis, P.D., Haynes, R.J., Hunter, C.H., and Morris, C.D. ۲۰۱۰. ...

Webster G., Embley T.M., and Prosser J.I. ۲۰۰۲. Grassland management ...

Xue D., Yao H., and Huang C. ۲۰۰۶. Microbial biomass, ...

نمایش کامل مراجع