شناسایی In Silico ژن های دخیل در بیوسنتز توکوفرول در گیاه عدس(Lens culinaris)

توکوفرول­ها (ویتامین E)، گروهی از ترکیبات آلی هستند که فعالیت های حیاتی را در سلول های گیاهی فراهم می کنند؛ دستگاه فتوسنتزی را از خسارت اکسیداتیو نوری در امان نگه می دارند و باعث حفاظت غشای کلروپلاست از پروکسیداسیون لیپید می شوند؛ همچنین وجود آن ها در تغذیه انسانی ضروری است. در این تحقیق، شش ژن دخیل در بیوسنتز توکوفرول­ها شامل HPPD/PDS۱، VTE۵، HPT/VTE۲، VTE۳/APG۱/IE۳۵، TC/VTE۱، γ-TMT/VTE۴ و فراورده های این ژن ها به کمک پایگاه­های اطلاعاتی و نرم افزارهای بیوانفورماتیک، به صورت In Silico در گیاه عدس شناسایی شدند که می توان پس از شناسایی و جداسازی ژن ها، آن ها را برای اهداف اصلاحی عدس از طریق بهنژادی سنتی یا روش های نوین زیست فناوری به کار برد ترسیم درخت فیلوژنتیکی با برنامه MEGA ۷ نشان داد که اکثر این ژن ها در گیاه عدس با گیاهان هم خانواده خود مانند نخود و یونجه هومولوژی بالایی دارند. پیش بینی حضور دمین های حفاظت شده مشخص کرد که پروتئین HPPD دارای دو دمین و یک زیردمین و پروتئین­های γ-TMT و VTE۳ هر کدام دارای یک دمین حفاظت شده می باشند. نتایج حاصل از توصیف پروتئین ها با استفاده از ابزار ProtParam تعیین کرد که بالاترین فراوانی از نظر ترکیب اسیدهای آمینه، به لوسین، سرین و گلایسین و کمترین فراوانی، به دو اسیدآمینه سلنوسیستئین و پیرولیزین تعلق داشت. با استفاده از برنامه DeepLoc-۱.۰ پیش بینی شد که به­غیر از پروتئین HPPD که محلول در سیتوپلاسم است، پنج پروتئین دیگر در فضای بین دو غشا پلاستیدها قرار می گیرند.

Keywords:

بیوانفورماتیک , پروتئین , ژن , عدس , ویتامین E