پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 14، Issue: 1
Publish Year: 1400
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 499
This Paper With 16 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_JOAGK-14-1_006
Index date: 19 April 2022
پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی abstract
هدف: صفات تولیدمثل (مخصوصا تعداد بره متولد شده در هر زایش) یکی از مهمترین صفات مهم اقتصادی در سیستمهای پرورش گوسفند میباشد. پژوهش حاضر با هدف شناسایی مناطق ژنی، ژنهای کاندیدا و مسیرهای زیستی موثر بر تعداد بره متولد شده میش نژاد زندی بر اساس آنالیز غنیسازی مجموعه های ژنی بوده است. مواد و روش ها: بدین منظور، میشهای با باروری بالا با حداقل یک رکورد دوقلوزایی و میشهای دیگر با تنها رکوردهای تک قلوزا با استفاده از آرایههای ۵۰K گوسفندی تعیین ژنوتیپ شدند. آنالیز پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر در سه مرحله تعیین مکان SNPهای معنی دار با ژن، ارتباط ژن ها به طبقات عملکردی و مسیرهای بیوشیمیایی و پویش کل ژنومی بر پایه آنالیز مسیر انجام می شود. بر این اساس، ارزیابی پویش ژنومی با استفاده از روش مورد-شاهدی در برنامه PLINK انجام شد. سپس با استفاده از بسته نرم افزاری biomaRt۲ ژنهای معنیداری شناسایی گردید. در نهایت، تفسیر مجموعه ژنی با بسته نرم افزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی عملکرد بیولوژیکی ژن های نزدیک به مناطق انتخابی و ژن های کاندیدا از طریق پایگاه های GO، KEGG، DAVID و PANTHER انجام شد. نتایج: در این پژوهش، ژنهای AFP، FOXO۳، ESR۱، ESR۲، RBP۴، AURKA،DLG۱ و ZGLP۱ با تعداد بره متولد شده در هر زایش مرتبط بودند (۰۵/۰P <). در تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، تعداد ۱۱ مسیر با صفت تعداد نتاج در هر زایش مرتبط بودند. از بین مسیرهای زیستی شناسایی شده، مسیرهای Oocyte differentiation،Ovulation from ovarian follicle ، Estrogen signaling pathway و Positive regulation of peptide hormone secretion نقش مهمی در نرخ تخمکریزی و استروئیدوژنز تخمدانی داشتند. نتیجه گیری: با توجه به تایید مناطق قبلی پویش ژنومی صفت تعداد نتاج متولد شده در هر زایش، همچنین شناسایی مناطق ژنومی جدید، آنالیز غنیسازی مجموعهی ژنی درک بهتری از کنترل ژنتیکی صفت تعداد نتاج متولد شده را نشان میدهد. استفاده از نتایج این تحقیق میتواند سبب تسریع در پیشرفت ژنتیکی برنامههای اصلاح نژادی گوسفند شود.
پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی Keywords:
پویش کل ژنوم بر پایه روش آماری غنی سازی شبکه ژنی( آنالیز مسیر) مرتبط با تعداد بره متولد شده در هر زایش متعلق به گوسفند زندی authors
حسین محمدی
استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
حسین مرادی شهربابک
هیئت علمی گروه اصلاح دام دانشگاه تهران
امیر طاهری یگانه
استادیار گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :