تجزیه داده های ژنومی حاصل ازk SNP chip ۷۰ جهت شناسایی جایگاه های مرتبط با تمایز دو نژاد اسب کرد و کاسپین با استفاده از جاروب انتخاب

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: انتخاب طبیعی و مصنوعی در جهت افزایش فراوانی آلل های مطلوب در جمعیت های حیوانی، سبب برجای ماندن برخی نشانه ها در ژنوم حیوانات می­ شود که معمولا با صفات مهمی در ارتباط هستند. امروزه با پیشرفت توالی یابی نسل جدید و دسترسی آسان تر به اطلاعات ژنومی حیوانات، مدل هایی برای شناسایی نشانه های انتخاب بر پایه فراوانی آللی و طول هاپلوتیپی ارائه شده ­است. در این پژوهش نشانه های انتخاب متمایزکننده دو جمعیت اسب نژاد کرد و کاسپین با استفاده از تراشه k۷۰ مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش­ ها: در این تحقیق از ۳۵ راس اسب نژاد کاسپین و ۳۱ راس اسب نژاد کردی نمونه خون جمع آوری شد. پس از استخراج DNA و تعیین توالی (توسط شرکت ایلومینا) کنترل کیفی داده ­ها برای فراوانی آلل حداقل )۰/۰۱pMAF< ( و نرخ تعیین ژنوتیپ )۰/۰۵ (pGENO< و انحراف از تعادل هاردی-واینبرگ) ۶- ۱۰×۱PH-W< ) انجام شد. در ادامه کنترل کیفی با استفاده از آزمون تتا (θ) انجام گرفت و با استفاده از سایت Ensemble به شناسایی جایگاه­های SNPها پرداخته و در نهایت ژن­های مرتبط با این جایگاه­ ها مشخص شدند. یافته­ ها: پس از انجام کنترل کیفیت داده های ژنومی و ادغام اطلاعات دو جمعیت بر اساس بسته نرم ­افزاری R ۶۱ اسب با ۵۲۶۵۰ SNP برای ادامه آنالیزها باقی ماندند. در این پژوهش با استفاده از آزمون های آماری Fst به روش براوردگر نااریب تتا در نهایت تعداد ۳۱ نشانگر متمایز­کننده دو نژاد اسب مورد مطالعه شناسایی شدند. نتیجه­ گیری: نتایج نشان داد که دو نژاد اسب کاسپین و اسب کرد در دو دسته جداگانه قرار دارند. نژاد اسب کردی دارای تنوع و پراکندگی بیشتری نسبت به اسب کاسپین بود. از مهم ترین ژن های شناسایی شده مرتبط با جایگاه ­های معنی دار، ژن­های INPP۵F، HPSE۲، R۳HCC۱، DOCK۳،ITGB۶، GM۶B، PHEX، WDR۱۳، LRCH۲، GRIA۳، THOC۲ بودند. بیشتر ژن های شناسایی شده در این پژوهش با تبادلات بین سلولی، انقباضات ماهیچه ای، ایمنی، پشتیبانی غشا پایه، پایداری DNA، سیستم عصبی در ارتباط بودند.

Keywords:

Caspian horse , Fst , Kurdish horse , PCA , Selective signatures , اسب کاسپین , اسب کردی , نشانه های انتخاب , Fst , PCA