مطالعه ترانسکریپتومی lncRNAها در مرغ بومی اصفهان و تجاری راس

به کمک روش RNA-seq می توان اطلاعات کاملی در خصوص شناسایی ژن ها بدست آورد که نتایج آن ممکن است در ژنتیک و اصلاح دام و طیور سودمند باشد. تاکنون مطالعات کمی در خصوص استفاده از این روش در ارزیابی ترانسکریپتوم طیور بومی گزارش شده است، با توجه به اهمیت lncRNAها در فرآیندهای بیولوژیکی، در مطالعه حاضر به بررسی lncRNAهای حاصل از ترانسکریپتوم مرغ بومی اصفهان و سویه تجاری راس ۷۰۸ و تفاوت بیان آن ها پرداخته شده است. در این مطالعه با استفاده از توالی یابی نسل جدید، ۵۶۸ lncRNA  شناسایی شد که تغییرات بیان ۱۱۶ lncRNA معنی دار بود (۰۵/۰ P-value ≤ P-value). نتایج نشان داد lncRNA های دارای بیان متفاوت در مسیر های بیولوژیکی مرتبط با متیلاسیون لایزین و هیستون، فعال سازی لکوسیت های میلوئیدی، تنظیم مثبت تولید سایتوکین و تنظیم فعال سازی لنفوسیت ها نقش دارند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژن ها نشان داد فعالیت پروتئین تیروزین کیناز غیر غشایی، پروتئین متیل ترانسفراز، متیل ترانسفراز وابسته به S-آدنوزیل متیونین، و انتقال گروه های یک کربنی و اتصال گیرنده سیگنال به طور معنی داری غنی می شوند. بر اساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنی داری در دو گروه بومی و تجاری دارند با مسیرهای سیستم ایمنی و متیلاسیون مرتبط می باشند که می توانند به عنوان بیومارکر استفاده شوند.

Keywords:

الگوی بیان ژن , lncRNA , نژاد مرغ بومی , سویه راس , RNA-seq