بررسی مقایسه ای موتاسیون های نقطه ای ژن Cyc۱ در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک

مهناز شجاع پور; فائزه فاطمی; رضا حاجی حسینی; مرضیه دهقان شاسلطنه

بررسی مقایسه ای موتاسیون های نقطه ای ژن Cyc۱ در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک

Publish place: Experimental of animal Biology، Vol: 7، Issue: 2

Publish Year: 1397

Type: Journal paper

Language: Persian

This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Certificate
I'm the author of the paper

Export:

Link to this Paper:

https://civilica.com/doc/1851811

Document National Code:

JR_EAB-7-2_014

Index date: 13 December 2023

بررسی مقایسه ای موتاسیون های نقطه ای ژن Cyc۱ در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک abstract

چکیدهاسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس یک باکتری اسیدوفیل بوده که در فرایند بیولیچینگ فلزات دخیل می باشد. Cytochrome c۵۵۲ (Cyc۱) یک پروتئین پریپلاسمی در این باکتری است که نقش کلیدی در انتقال الکترون در زنجیره تنفسی دارد. حضور هم A و B در ساختار Cyc۱ و نقش آن در دریافت الکترون از پروتئین قبلی (Cyc۲) و انتقال آن به پروتئین بعدی (CcO)، دلیل اصلی انتخاب این پروتئین است. در این تحقیق، با هدف بهبود فرآیند بیولیچینگ، گلوتامات ۱۲۲ و هیستیدین ۵۴ Cyc۱ برای جهش نقطه ای در مطالعات بیوانفورماتیک انتخاب شد. ابتدا جهش ها توسط نرم افزار پایمول انجام و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای پروتئین های وحشی و جهش یافته E۱۲۲D و H۵۴I در Cyc۱ صورت گرفت. تغییرات ساختار فضایی پروتئین های وحشی و جهش یافته توسط آنالیزهایRMSD ،RMSF ، Rg، SASA و پیوندهای هیدروژنی انجام شد. نتایج حاکی از پایداری دو پروتئین جهش یافته پس از پایان شبیه سازی بود. با تبدیل گلوتامات ۱۲۲ به آسپارتات، یک مولکول اسیدی، اسیدی تر شده و با کاهش بیش از پیش پتانسیل ردوکس در مرکز راستیسیانین، باعث سرعت انتقال الکترون به Cyc۱ خواهد شد. همچنین، با کاهش پتانسیل ردوکس در محل جهش سرعت انتقال الکترون به هم A نیز افزایش خواهد یافت. در صورت تبدیل هیستیدین ۵۴ به ایزولوسین، حلقه ایمیدازول الکترواستاتیک به اسیدآمینهای باریشه بدون بار تغییر کرده و درنتیجه منجر به تشکیل یک پیوند هیدروژنه قوی بین دو اسیدآمینه می شود. بنابراین، انتقال الکترون بین Cyc۱ و CcO از طریق یک مولکول آب (W۷۹) بهبود یافته و بهدنبال آن احتمالا سرعت بیولیچینگ افزایش خواهد یافت.

بررسی مقایسه ای موتاسیون های نقطه ای ژن Cyc۱ در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک Keywords:

واژه های کلیدی: اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس , جهش نقطه ای , زنجیره انتقال الکترون , سیتوکروم c۵۵۲ (Cyc۱) , شبیه سازی دینامیک مولکولی

بررسی مقایسه ای موتاسیون های نقطه ای ژن Cyc۱ در باکتری اسیدیتیوباسیلوس فرواکسیدانس و اثر آن بر فرآیند بیولیچینگ با استفاده از مطالعات بیوانفورماتیک authors

مهناز شجاع پور

. دکتری، گروه علوم زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه پیام نور، تهران

فائزه فاطمی

دانشیار، پژوهشکده مواد و سوخت هسته ای، پژوهشگاه علوم و فنون هسته ای، سازمان انرژی اتمی، تهران

رضا حاجی حسینی

. استاد، گروه علوم زیست شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران

مرضیه دهقان شاسلطنه

استادیار، آزمایشگاه شیمی نوروارگانیک، موسسه بیوشیمی و بیوفیزیک (IBB)، دانشگاه تهران، تهران، ایران و گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه زنجان

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :

ReferencesAbergel, C.; Nitschke, W.; Malarte, G.; Bruschi, M.; Claverie, J.-M.; ...

Abergel, C.; Nitschke, W.; Malarte, G.; Bruschi, M.; Claverie, J.-M.; ...

Appia-Ayme, C.; Guiliani, N.; Ratouchniak, J.; Bonnefoy, V. (۱۹۹۹). Characterization ...

Appia-Ayme, C.; Quatrini, R.; Denis, Y.; Denizot, F.; Silver, S. ...

Barrett, M. L.; Harvey, I.; Sundararajan, M.; Surendran, R. (۲۰۰۶).Atomic ...

Benkert, P.; Künzli, M. Schwede, T. (۲۰۰۹). QMEAN server for ...

Bhatti, T. M.; Vuorinen, A.; Lehtinen, M.; O. H. Tuovinen. ...

Chen, L.; Gavini, N.; Tsuruta, H.; Eliezer, D.;... (۱۹۹۴). MgATP-induced ...

Donati, E. R.; Sand, W. (۲۰۰۷) Microbial processing of metal ...

Donati, E.; Pogliani, C.; Boiardi, J. (۱۹۹۷). Anaerobic leaching of ...

Eisenberg, D.; Lüthy, R.; Bowie, J. U. (۱۹۹۷). [۲۰] VERIFY۳D: ...

Er, TK.; Chen, CC.; Liu, YY. (۲۰۱۱). Computational analysis of ...

Farahmand, S.; Fatemi, F.; Haji Hosseini, R. (۲۰۱۹). [ Sequencing ...

Fatemi, F.; Miri, S.; Jahani, S. (۲۰۱۷). Effect of metal ...

Fatemi, F.; Rashidi, A.; Jahani, S. (۲۰۱۵). Isolation and identification ...

Ghasemi, F.; Zomorodipour, A.; Karkhane, A. A.; Khorramizadeh, M. R. ...

Goodin, D. B.; McRee, D. E. (۱۹۹۳). The Asp-His-iron triad ...

Hess, B.; Kutzner, C.; Van Der Spoel, D. Lindahl, E. ...

Jafarpoor, R.; Fatemi, F.; Mehrnejad, F. (۲۰۱۸).Investigation the UV Effect ...

Kanbi, L. D.; Antonyuk, S.; Hough, M. A.; Hall, J. ...

Lüthen, H.; Böttger, M. (۱۹۹۳). Hexachloroiridate IV as an electron ...

Muneeswaran, G.; Pandiaraj, M.; Kartheeswaran, S.; Sankaralingam, M.; Muthukumar, K.; ...

Patra, M. C.; Pradhan, S. K.; Rath, S. N.; Maharana, ...

Quatrini, R.; Appia-Ayme, C.; Denis, Y.; Ratouchniak, J. (۲۰۰۶). Insights ...

Sand, W.; Gehrke T.; Jozsa, P.G.; Schippers, A. (۲۰۰۱). (Bio) ...

Shu, C.; Xiao, K.; Sun, X. (۲۰۱۷). Structural Basis for ...

Smith, J. J.; Riddle, M. (۲۰۰۹). Sewage disposal and wildlife ...

Srikumar, P.; Rohini, K. (۲۰۱۳). Exploring the structural insights on ...

Tributsch, H. (۲۰۰۱). Direct versus indirect bioleaching. Hydrometallurgy; ۵۹(۲): ۱۷۷-۱۸۵ ...

Vera, M.; Schippers, A.; Sand, W. (۲۰۱۳). Progress in bioleaching: ...

Voet, D.; Voet, J. G.; Pratt, C. W. (۲۰۱۶). Fundamentals ...

Wang, W.; Xia, M.; Chen, J.; Deng, F. (۲۰۱۶).Data set ...

Wiederstein, M.; Sippl, M. J. (۲۰۰۷). ProSA-web: interactive web service ...

Zhou, H.-X. (۱۹۹۴). Effects of mutations and complex formation on ...