تشخیص نشانگرهای زیستی سرطان: رویکرد سریع بیوانفورماتیک

نشانگرهای زیستی در تشخیص زودهنگام انوع بیماری ها از جمله سرطان نقش عمده ای دارند. بر اساس تعریف سازمان بهداشت جهانی، هر ساختار یا فرآیندی در بدن که قابل اندازه گیری بوده و بر پیش بینی یا نتیجه بیماری اثرگذار باشد، به عنوان نشانگر زیستی شناخته می شود. امروزه شناسایی نشانگرهای زیستی با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک امکان پذیر است. مسئله تشخیص نشانگرهای زیستی در حوزه بیوانفورماتیک بیشتر به عنوان یک مسئله انتخاب ویژگی مطرح است. الگوریتم های انتخاب ویژگی متعددی در زمینه شناسایی نشانگرهای زیستی مورد استفاده قرار می گیرد. اما این الگوریتم ها یا از دقت کافی برخوردار نیستند و یا دقت لازم را داشته اما از پیچیدگی محاسباتی بالایی برخوردارند. به همین دلیل الگوریتم هایی که دقت بیشتری داشته اند، تنها به دلیل زمانبر بودن کنار گذاشته می شوند. هدف اصلی در این پژوهش انتخاب الگوریتمی با دقت بالا در شناسایی نشانگرهای زیستی است که در نهایت با استفاده از شیوه های موازی سازی، سرعت آن را بهبود بخشیم. الگوریتم انتخابی با استفاده از روش های موازی سازی باز طراحی شده است و با استفاده از داده ای که مربوط به سرطان سینه می باشد، به ارزیابی روش پیشنهادی پرداخته ایم. در نهایت الگوریتم توانسته است با همان دقت الگوریتم اصلی، ولی با افزایش سرعتی در حدود یک و نیم برابر، خروجی مورد نظر را تولید می کند.

Keywords:

نشانگر زیستی , بیوانفورماتیک , سرطان سینه , الگوریتم موازی , الگوریتم ام.اس.وی.ام-ای. اف.ای