شناسایی نشانگرهای انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف با استفاده از داده های توالی یابی کل ژنومی
Publish place: Journal of Animal Production، Vol: 26، Issue: 1
Publish Year: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 13
This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JAP-26-1_001
تاریخ نمایه سازی: 25 فروردین 1403
Abstract:
به دلیل تنوع اقلیمی بالا در ایران، گوسفندان بومی کشور، از تنوع چشم گیری برخوردار هستند. به نظر می رسد تفاوت های اقلیمی، ردپایی در ژنوم نژادهای بومی مناطق مختلف جهان به جای گذاشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با گوسفندان ایرانی در مقایسه با نژاد غیرایرانی رومانف در سطح ژنوم می باشد. به این منظور، از داده های توالی یابی شده کل ژنوم گوسفندان ایرانی و غیرایرانی موجود در پایگاه داده ای NCBI استفاده گردید. این توالی ها، پس از سنجش و پالایش کیفی، به ژنوم مرجع گوسفند هم طراز شدند. پس از شناسایی تنوع های ژنومی، برای شناسایی نواحی تحت انتخاب مثبت در ژنوم گوسفندان ایرانی، از دو روش Fst و XP-EHH استفاده شد. پس از استخراج ژن های موجود در نواحی تحت انتخاب، با استفاده از نرم افزار BEDtools و فایل GTF مرتبط با ژنوم گوسفند، شرح نویسی عملکردی این ژن ها با استفاده از آنالیز هستی شناسی ژن صورت پذیرفت. براساس نتایج به دست آمده، به ترتیب ۹۰۷ و ۳۱۱ ژن کدکننده پروتئین توسط روش های Fst و XP-EHH شناسایی شدند که تعداد ۲۹ ژن بین این دو روش مشترک بودند. ارزیابی های بیش تر نشان داد که تعدادی از این ژن ها، در صفات مرتبط با بهبود کیفیت چربی شیر (PCCB)، باروری (SPATA۵، RAB۳۵ و DICER۱)، رشدونمو ماهیچه ای (NF۱، AKAP۶ و HDAC۹)، وزن بدن (FBXL۳، GRID۲ و ADAMTS۱۷)، سازگاری به نواحی سخت بیابانی و کوهستانی (BMPR۲ و NF۱) و شیر (EXOC۶B) دخیل هستند. نتایج نشان داد که گوسفندان ایرانی احتمالا برای سازگاری به مناطق خشک بیابانی و ارتقای کیفیت گوشت و شیر موردانتخاب قرار گرفته اند.
Keywords:
Authors
عباس میرزاپور آبی بگلو
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: amirza@student.uma.ac.ir
نعمت هدایت
نویسنده مسئول، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: nhedayat@uma.ac.ir
رضا خلخالی ایوریق
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: r.khalkhali@uma.ac.ir
رضا سید شریفی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران. رایانامه: sharifi_r@uma.ac.ir
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
