استفاده از تکنیک ساده و سریع PCR تک مرحله ای درجهت تشخیص یک پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی مربوط به ژن HOTAIR

؛HOTAIR یک RNA طویل غیر کد کننده (IncRNA) آنکوژنیک است که در طیف گسترده ای از سرطان های انسانی تنظیم میشود. پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی یا به اختصار SNP ها در تنظیم بیان IncRNA هایی نظیر HOTAIR و همچنین تغییر عملکرد متناظر آنها نقش دارند. از این رو شناسایی این SNP ها در تشخیص زودهنگام بیماری ها و استفاده منطقی از داروها حائز اهمیت است. امروزه روش های متعددی در جهت شناساییSNP ها کاربرد دارد که اغلب زمان بر و پر هزینه هستند. در این پژوهش یک روش سریع و آسان را برای تشخیص پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی rs۱۸۹۹۶۶۳ که مربوط به ژن HOTAIR است، به کار بردیم. این روش مبتنی بر PCR تک مرحله ای با استفاده از استراتژی طراحی پرایمرهای اختصاصی است. در این مطالعه ابتدا DNA مربوط به ۲۸۸ نمونه خون انسانی استخراج شد. پرایمرهای اختصاصی که دارای یک mismatch با کروموزوم حاوی SNP ای است که باید شناسایی شود (معمولا الل واریانت) در مقابل دو mismatch با الل جایگزین مربوطه )معمولا الل نوع وحشی( بودند، طبق استراتژی جدید طراحی پرایمر، طراحی شدند و سپس واکنش PCR انجام شد. در جهت اعتبارسنجی این تکنیک، تکنیک SNP array نیز انجام شد و طبق نتایج به دست آمده از هر دو روش درصد حساسیت و اختصاصیت PCR تک مرحله ای برای SNP مورد مطالعه، محاسبه شد. در این مورد درصد حساسیت و اختصاصیت به ترتیب ۵۳/۳۸% و ۹۵/۸۳% محاسبه شد. درصد اختصاصیت به دست آمده نشان میدهد که این تکنیک نسبتا کارآمد است و از آنجا که تکنیک مورد استفاده مبتنی بر طراح پرایمر است، پایین بودن درصد حساسیت میتواند به علت طول نامناسب پرایمر، شرایط دمایی، شرایطآزمایشگاهی و غیره باشد. درنتیجه روش PCR تک مرحله ای با استراتژی جدید طراحی پرایمرهای اختصاصی می تواند روش مناسبی در جهت شناسایی SNP مربوط به ژن HOTAIR باشد، منوط به اینکه در مورد هرجفت پرایمری که با استراتژی جدید طراحی پرایمر طراحی شد اعتبارسنجی صورت گیرد تا قدرت و کیفیتطراحی پرایمر مشخص شود یا از پرایمری استفاده شود که قبلا اعتبارسنجی شده است.

Keywords:

پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی , PCR تک مرحله ای , تشخیص SNPs , طراحی پرایمر