بررسی خصوصیات فیزیکو شیمیایی، ساختاری و تجزیه و تحلیل تکاملی چاپرون های فیمبریه ها از باکتری اشریشیاکلی انتروتوکسیژنیک انسانی و حیوانی

اشریشیاکلی انتروتوکسیژنیک (ETEC) رایج ترین عامل باکتریایی مولد اسهال درانسان و دام میباشد. فیمبریه های سطح باکتری نقشاساسی در اتصال باکتری به یاخته های روده و آغاز بیماری دارند. مسیر سرهم بندی فیمبریه ها در باکتری های انتروتوکسیژنیک انسانیمشابه انتروتوکسیژنیک دامی از طریق مسیر چاپرون- آشر می باشد.این مطالعه به منظور بررسی درون رایانه ای ویژگی های فیزیکوشیمیایی و ساختاری و همچنین اطلاعات تکاملی چاپرون های باکتری هایمولد اسهال در دام و انسان انجام گرفت. برای این منظور، توالی های آمینو اسیدی چاپرون ها از پایگاه داده UniProt استخراج شد. درخت فیلوژنتیک بر اساس هم ترازسازی، چند تاولی با استفاده از نرم افزار Mega X ساخته شد. در مرحله بعد، برخی از خصوصیات فیزیکوشیمیایی چاپرون ها که از نظر تکاملی به یکدیگر نزدیک بودند، با ابزار Expasy ProtParam مورد ارزیابی قرار گرفت، سپس ساختارهای سه بعدی پروتئین ها از بانک داده PDB بازیابی و یا با استفاده از نرم افزار Modeller ۹ & ۲۲ پیش بینی شد. مدل ها با استفاده از برنامه های تحت وب، نظیر PROCHECK ،Verify-۳D و ProSA II ارزیابی شدند. با کمک دو سرور GRAMM-X و ClusPro ۲.۰ برهم کنA چاپرون ها با زیر واحدهای اصلی انجام گرفت. سپس منطقه برهمنکنش و سطح قابل دسترس حلال با استفاده از سرور PDBePISA و Meta-PPISP تعیین شد. باای مانده های اتصال لیگاند توسط COACH و سرور FTMap پیش بینی شد. نتایج این مطالعه نشان دهنده شباهت ساختاری و فیزیکوشیمیایی قابل توجه چاپرون برخی از باکتری های مولد اسهال در انسان و حیوان است. لذا بنظر می رسد نتیجه این مطالعه ممکن است اطلاعات مفیدی را برای یافتن و/یا طراحی دارو یا مهارکننده های مسدود کننده، جایگاه اتصال چاپرون ها ارائه نماید تا شاید بتوان با کمک این مهار کننده ها تولید پیلی توسط باکتری های اسهال زا را کنترل یا مهار کرد.

Keywords:

اشرشیاکلی انتروتوکسیژنیک , خواص فیزیکی و شیمیایی , خصو یات ساختاری چاپرون , مدلر