بررسی بیوانفورماتیکی پروتئینهای شبه دایسر Dicer-like در سه گیاه دارویی Citrus clementina، Capsella rubella و Citrus sinensis

پروتئین های دایسر و شبه دایسر ترکیبات کلیدی در مسیر پیدایش میکرو RNA ها و RNA های مداخله گر کوچک از طریق پردازش RNA های دو رشته ی طویل به RNA های کوچک بالغ، می باشند. هدف از این تحقیق بررسی این پروتئین ها در سه گیاه دارویی Citrus ، Capsella rubella clementina و Citrus sinensis استفاده از روش های بیوانفورماتیکی می باشد. ابتدا توالی های آمینواسیدی این پروتئین ها در گیاهان مورد بررسی از پایگاه های اطلاعاتی مورد نظر دریافت شد، سپس ،همردیفی توالی ها صورت گرفت در ادامه دامنه ها و درخت فیلوژنی این پروتئین ها رسم شد. همچنین این مطالعه نشان داد که پروتئین شبه دایسر در این گیاهان بعد از رسم درخت فیلوژنی در 4 دسته مجزا قرار می گیرند که این پروتئین ها دارای چند دامنه اصلی به نام های DSRM,RIBOc,HELICc ،PAZ و DEXDc می باشند که البته تفاوت های از نظر وجود یا عدم وجود برخی از این دامنه ها در آنها مشاهده شد به طوریکه Crdl1 Crdl3 و 2Crdl فاقد دامنه های HELICc و DSRM سایر پروتئینها دارای همه دامنه های اصلی بودند همچنین بررسی های بیشتر نشان داد که میانگین طول این پروتئین در گیاهان مورد بررسی 1579 اسیدامینه ، میانگین وزنی انها 177 کیلو دالتون، میانگین نقطه ایزوالکتریک انها ، میانگین شاخص الیفاتیک انها که نشاندهنده پایداری این پروتئین ها در دمای بالا میباشد همچنین میانگین تعداد پیچهای الفا و صفحات بتا در این پروتئینها به ترتییب 58 و 45 میباشد.بیشترین و کمترین طول پروتئین مربوط Ccdl4 و Crdl3 با مقدار 1963 و 1046 میباشد.

Keywords:

گیاه دارویی , پروتئین های شبه دایسر , بیوانفورماتیک