شناسایی ژن های کلیدی دخیل در پاسخ به تنش خشکی ناشی از پلی اتیلن گلایکول برجوانه زنی آرابیدوپسیس تالیانا با استفاده از تجزیه تحلیل داده های ریز آرایه

تنش های غیرزیستی مانند خشکی، دمای شدید و شوری می توانند بر جوانه زنی بذر و رشد گیاه تاثیر منفی بگذارند که بهمحدودیت های اصلی برای تولید محصولات تبدیل شده اند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی ژن های کلیدی و تجزبه و تحلیلمسیرهای بیولوژیکی مرتبط با تنش خشکی ناشی از پلی اتیلن گلایکول در آرابیدوپسیس تالیانا است. ژن های پاسخ دهندهبه خشکی از طریق تجزیه و تحلیل داده های ریزآرایه موجود با شماره دسترسی GSE۶۴۲۲۷ از پایگاه داده GeneExpression Omnibus دانلود شدند. مجموعه ژن های بیان شده متفاوت DEGs توسط ابزار آنلاین GEO۲R موردتجزیه و تحلیل قرار گرفتند. ژن هاب توسط نرم افزار Cytoscape شناسایی و برای ایجاد شبکه تعامل پروتئین-پروتئیناز وب سایت STRING استفاده گردید. در مجموع ۸۵۱ ژن با بیان متفاوت DEGs و value < ۰.۰۵-P و | -log foldchange (log FC) | > ۲.۰ به دست آمد، که ۶۳۸ ژن دارای بیان بالا و ۲۱۳ ژن دارای بیان پایین داشتند. نتایجحاصل از بازسازی شبکه برهمکنش پروتئینی منجر به شناسایی ۱۰ ژن کلیدی دخیل در تنش خشکی در مرحله جوانه زنیشد. این ژنها با بیشترین درجه اتصال LHCB۳ ، PSAK ، PSAG ، PSAF ، PSBQ۱ ، psaD۱ ، PSAE۱ ، LHCB۵ ،SBPASE ، PSAH۲ به عنوان ژن هاب انتخاب شدند. ارزیابی بیان و اعتبارسنجی این ژنها در گیاه آرابیدوپسیس تحتتنش در شرایط آزمایشگاهی پیشنهاد می گردد.

Keywords:

تجزیه و تحلیل ریز آرایه , ژن هاب , شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین , هستی شناسی ژن