شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی
Publish place: Animal Production Research، Vol: 13، Issue: 2
Publish Year: 1403
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 49
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_ARGU-13-2_002
Index date: 7 September 2024
شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی abstract
هدف این پژوهش، شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی در کبوتر بود. داده های ترنسکریپتوم (هشت نمونه) مربوط به هیپوکمپ کبوترهای چاهی (دارای توان مسیریابی ضعیف) و پلاکی (دارای توان مسیریابی مطلوب) از پایگاه EBI با شماره دسترسی PRJNA۵۳۲۶۷۴دانلود شد. کنترل کیفیت داده ها، نقشه گذاری داده ها و شناسایی واریانت های ژنتیکی متفاوت بین دو گروه چاهی و پلاکی با نرم افزار CLC Genomics workbench (۱۲) انجام شد. حدود دو میلیون واریانت ژنتیکی برای هشت نمونه شناسایی شد، که ۲۸۰۰ واریانت ژنتیکی بین دو گروه متفاوت بود. نقش عملکردی واریانت های متفاوت، با تجزیه هستی شناسی بهوسیله ابزار VEP در پایگاه Ensembl در سطح معنیداری پنج درصد انجام شد. نتایج تجزیه هستی شناسی نشان داد که واریانت های متفاوت با ژن LDHA در ارتباط هستند. این ژن با کد کردن آنزیم لاکتات دهیدروژناز A در قدرت پروازی و سوخت و ساز بیهوازی سلول ها دارای اهمیت است. پرندگان با نسخه جهش یافته ژن LDHAعملکرد بهتری در مسابقات برای قدرت پرواز و مسیریابی دارند. یکی دیگر از نتایج این پژوهش، مرتبط بودن واریانت های ژنتیکی با ژن DRD۴ بود که در کنترل الگوهای رفتاری، حافظه و یادگیری حائز اهمیت است. مسیرهای سوخت و ساز پروتئینها نیز یکی از نتایج مهم این پژوهش بود زیرا پروتئینها دارای نقش اساسی در تمایز سلول های سیستم عصبی هستند. برای نمونه، پروتئین Ubiquitin با نشاندار کردن سایر پروتئین ها بهعنوان پیام رسان برای پروتئازها عمل می کند و عمل هضم پروتئین های ناکارآمد را در سلول تسهیل می کند. همچنین، این پروتئین دارای نقش تنظیمی برای فعالیت سایر پروتئین ها است.
شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی Keywords:
شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی authors
الهام یعقوبی
دانش آموخته کارشناسی ارشد ژنتیک و اصلاح نژاد دام، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
محمد دادپسند
دانشیار، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
حامد خراتی کوپایی
دانش آموخته دکتری تخصصی، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شیراز
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
