تجزیه و تحلیل پروتئوم پیازچه درگونه های Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئین های با بیان متفاوت

جنس Allium شامل بیش از ۹۲۰ گونه در سراسر جهان است. ایران زیستگاه اصلی بسیاری از گونه­ های وحشی Allium می­باشد. در این مطالعه از بافت پیازچه دو گونه A. stipitatum و A. scabriscapum از دو زیرجنسMelanocrommyum  و Reticulatobulbosa با هدف ارزیابی و شناسایی الگوی بیانی پروتئین­های ذخیره­ای حاصل از روش SDS-PAGE استفاده شد. برای شناسایی لکه ­های پروتئینی و مشاهده تغییرات بیانی دو گونه از الکتروفورز ژل دوبعدی و طیف سنجی جرمیMALDI TOF/TOF MS استفاده گردید. آنالیز ژل ­های حاصل از الکتروفورز دوبعدی منجر به شناسایی ۱۳۸ لکه پروتئینی شد. نتایج حاصل بیانگر شباهت اندک میان ژل­ها و الگوی بیانی متفاوت در بین نمونه ­ها بود که بر این اساس تعداد کمی لکه مشابه در هر دو ژل حاصل شد. نتایج نشان داد در پروفایل بیانی پروتئین­ های بافت پیازچه این نمونه­ها تفاوت­های معنی­ داری وجود داشت که با استفاده از آزمون T تعداد ۹ لکه پروتئینی دارای بیشترین تغییرات معنی­دار در سطح احتمال ۵% شناسایی شدند و از بین آنها ۳ لکه متفاوت با استفاده از روش­ طیف سنجی جرمی برای شناسایی انتخاب شد. نتایج آزمایش طیف سنجی جرمی و تطبیق داده ­های حاصل با پایگاه­ داده­های  NCBI و Uniprot و ابزارهای بیوانفورماتیکی مشخص کرد که لکه­ های مورد آزمایش با پروتئین ­های Maturase k، Agmatine coumaroyltransferase-۱ و یک پروتئین با عملکرد نامشخص بنام Hypothetical Protein مطابقت داشت. یافته­ های این مطالعه نشان داد با توجه به اینکه نمونه­ های متعلق به دو گونه A.stipitatum و A. scabriscapum از یک جنس هستند اما الگوی بیانی پروتئین­های ذخیره­ای آنها در بافت پیازچه بسیار متفاوت از یکدیگر است.

تجزیه و تحلیل پروتئوم پیازچه درگونه های Allium stipitatum و A. scabriscapum ایرانی برای شناسایی پروتئین های با بیان متفاوت Keywords:

Allium , Mass spectrometry analysis , Gene expression , Bioinformatics