شناسایی، طبقه بندی و مطالعه فیلوژنتیکی اعضای خانواده ژنی AP2/ERF در گندم
Publish place: 8th national biotechnology congress of I.R. Iran & 4th National Conference on biosecurity
Publish Year: 1392
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 786
متن کامل این Paper منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل Paper (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
NBCI08_0532
تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394
Abstract:
تنش های غیرزیستی از مهم ترین عوامل محدودکننده عملکرد در گیاهان زراعی می باشند. خانواده ی ژنی( AP2/ERF)، گروه بزرگی از عوامل رونویسی مختص گیاهان هستند که درتنظیم بیان ژن های پاسخ دهنده به تنش های محیطی دخیل می باشند. بنابراین شناسایی و مطالعه ی این خانواده ی ژنی گامی موثر در راستای یافتن راهکارهایی هدفمند برای تحمل گیاهان به تنش ها خواهد بود. در این تحقیق برای شناسایی اعضای خانواده (AP2/ERF) در گندم (aestivum Triricum)، جستجو در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط مانند plantTFDB ، EMBL ، NCBI ، GramineaTFDB ، TriFLDB ، GrainGenes انجام شد. در بانک اطلاعاتی NCBI ، جستجو و همردیف سازی با استفاده از ابزار tBLASN بر علیه داده های نوکلئوتیدی گندم با استفاده از توالی های پروتئینی حفاظت شده ی هرزیر خانواده AP2/ERF در گیاه آرابیدوپسیس تالیانا صورت گرفت. برای ترجمه ی توالی های فاقد پروتئین، از نرم افزارهای DNAstar و ORF finder استفاده شد. توالی ها توسط نرم افزار ClustalW همردیف شدند و درخت فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار MEGA 4 رسم شد. پس از بررسی توالی های پروتئینی و آنالیز فیلوژنتیکی ، 107 عضو از این خانواده درگندم شناسایی شد. 13 عضو در زیر خانواده ی AP2، ا44و 46 عضو به ترتیب در زیرخانواده های DREB و ERF، ا3 عضو در زیر خانواده RAV و تنها 1 عضو در زیرگروه Soloist قرار گرفتند.
Keywords:
Authors
خدیجه مظفری
بخش بیوانفورماتیک، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
زهرا سادات شبر
بخش بیوانفورماتیک، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :