مقایسه الگوریتم ژنتیک و روش CPSP در حل مسأله تاخوردگی پروتئین

Publish Year: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 697

This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download

  • Certificate
  • من نویسنده این مقاله هستم

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این Paper:

شناسه ملی سند علمی:

CBCONF01_0414

تاریخ نمایه سازی: 16 شهریور 1395

Abstract:

پیشبینی ساختار پروتئین با استفاده از توالی آمینواسیدهایش، یکی از برجستهترین مسائل بیولوژی محاسباتیاست چرا که عملکرد یک پروتئین و فعالیت بیولوژیکی آن، به طور عمده به ساختار سه بعدی آن وابسته است. این مسألهبه عنوان مسأله تاخوردگی پروتئین شناخته می شود. ساده ترین مدل های شناخته شده برای حل مسأله ی تاخوردگیپروتئین، مدل مشبکه آبگریز- قطبی است. در مسأله ی مورد نظر هدف یافتن ترکیبی در مدل مطرح شده است که دارای کمترین انرژی آزاد باشد که در واقع معادل با یک مسأله ی بهینه سازی است. ثابت شده است که این مسأله یک مسأله ی-NP سخت است و برای حل این دسته از مسائل، الگوریتم های فرااکتشافی گزینه های مناسبی هستند. در این مقاله ازالگوریتم ژنتیک به دلیل سرعت نسبتاً مناسبی که در حل مسائل بهینه سازی دارد، استفاده شده است.

Authors

سیدابوالفضل شاهزاده فاضلی

دانشگاه یزد، دانشکده ریاضی، گروه علوم کامپیوتر، آزمایشگاه پردازش موازی

محیا بهلولی

دانشگاه یزد، دانشکده ریاضی، گروه علوم کامپیوتر، آزمایشگاه پردازش موازی

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
  • tale of two tails: why are terminal residues of proteins ...
  • Chen, C. Y. C., & Tou, W. I. (2013), "How ...
  • Hoque, T., Chetty, M., & Sattar, A. (2009), "Extended HP ...
  • Santos, J., & Dieguez, M. (2011), "Differential evolution for protein ...
  • Parpinelli, R. S., Benitiez, C. M., Cordeiro, J., & Lopes, ...
  • Li, B., Lin, M., Liu, Q., Li, Y. and Zhou, ...
  • Custodio, F.L, Barbosa, H.J. and Dardenne, L.E. (2014), _ multiple ...
  • Zhou, C., Hu, T. and Zhou, S. (2014), "Protein structure ...
  • Dill, K.A., Bromberg, S., Yue, K., Chan, H.S., Ftebig, K.M., ...
  • Duan, Y. and Kollman, P.A. (2001), ،، Computational protein folding: ...
  • Li, Hao, Chao Tang, and Ned S. Wingreen. (1997), 0Nature ...
  • Lopes, Heitor Silverio. (2008), "Evolutionary algorithms for the protein folding ...
  • Backofen R, Will S. (2006), _ constraint-b ased approach to ...
  • lattice statistical mechanics model of the c onformationl A؛ه 13. ...
  • Cui Y, Wong WH, B ornberg-Bauer E, Chan HS. (2002), ...
  • Yue K, Dill KA. (1995), :Forces of tertiary structural organization ...
  • Mann, M., Will, S. and Backofen, R. (2008), _ SP-tools-exat ...
  • http :/cpsp. informatik .uni-freiburg .de : 8 0 80/StructJSP.j sp. ...
  • نمایش کامل مراجع