پیدا کردن موتیف در نواحی بالادست ژن های هم بیان بر اساس الگوریتم بهینه سازی فاخته و سرمایش تدریجی

در این مقاله برای حل مسیله کشف موتیف یک روش ترکیبی جدید بر اساس الگوریتم بهینه سازی فاخته، روش سرمایش تدریجی وبیشینه سازی زمان انتظار بهنام SA-COAMF ارایه می شود. این روش ترکیبی در همگرایی بهینه سراسری بسیار کارآمد است. یکی دیگر از ویژگی های شاخص این الگوریتم، بهره بردن از هر دو مدل نمایش موتیف (توالی اجماع و ماتریس احتمالاتی) است. عملکردالگوریتم پیشنهادی بر روی یک مجموعه از داده های زیستی (پایگاه داده SCPD) تست شده و با تعدادی از الگوریتم های معروف کشف موتیف. (PSO+GA-DPAF و MEME) مقایسه می گردد. نتایج به دست آمده نشان دهنده توانایی بالای الگوریتم پیشنهادی است.

Keywords:

الگوریتم بهینه سازی فاخته , سرمایش تدریجی , ژن های همبیان , کشف موتیف , ماکزیمم سازی زمان انتظار