شناسایی ژن گلوتاتیون پراکسیداز سیر و مطالعه فیلوژنتیکی آن

گلوتاتیون پراکسیداز یکی از آنزیم های کلیدی در سیستم دفاع آنتی اکسیدانی سلول است که نقش مهمی را در پاسخ به استرس های محیطی ایفا می کند. هدف این مطالعه شناسایی ژن گلوتاتیون پراکسیداز سیر و بررسی فیلوژنتیکی آن می باشد. برای شناسایی ژن گلوتاتیون پراکسیداز از توالی های EST سیر موجود در EST database پایگاه NCBI و جستجو برای شباهت توالی (tblastn و blaxix) استفاده شد. سپس توالی های بدست آمده با استفاده از ابزار ترجمه ExPASy ترجمه شده و الگوهای حفظ شده آنها با PROSITE مورد بررسی قرار گرفت. برای پیش بینی ساختار دوم و سوم پروتیین به ترتیب از PSIPRED و Phyre2 استفاده شد. همردیفی توالی ها با استفاده از Clustal Omega انجام پذیرفت و درخت فیلوژنتیکی با استفاده از MEGA3 و روش نزدیکترین هماسیه رسم گردید. نتایج نشان داد FS209961, 1 EST مربوط به گلوتاتیون پراکسیداز سیر می باشد. پروتیین پیش بینی شده متشکل از 251 اسید آمینه با یک جایگاه فعال و یک الگوی حفظ شده متعلق به خانواده گلوتاتیون پراکسیدازها بود. همردیفی با Clustal Omega و آنالیز درخت فیلوژنتیکی نشان داد که این پروتیین بالاترین و کمترین شباهت را به ترتیب با گلوتاتیون پراکسیداز نخود و کلامیدوموناس دارد.

Keywords:

درخت فیلوژنتیکی , سیر , گلوتاتیون پراکسیداز , همردیفی , EST database