تعیین ساختار سوم پروتیین با استفاده از الگوریتم ژنتیک

با توجه به نقش و کارکرد حیاتی پروتیین ها در بدن انسان و وابستگی عمل کرد یک پروتیین به ساختار آن پیش بینی ساختار توالی پروتیین اهمیت فوق العاده ای می یابد. تاکنون روش های مختلفی برای این مسیله از قبیل شبکه های عصبی، روش تکاملی مونت کارلو، روش بهینه سازی ازدحام ذرات، بهینه سازی دسته ی زنبوران و الگوریتم ژنتیک ارایه شده است. همچنین در برخی از این الگوریتم ها از خاصیت آب دوستی و آب گریزی اسیدهای آمینه پروتیین ها برای حل مسیله پیش بینی ساختار پروتیین ها استفاده می کنند. دانستن ساختار سوم پروتیین بسیار مهم است چراکه مستقیما به عملکرد آن مرتبط می شود و تمام فعالیت هایی که در سلول انجام می شود بر عهده پروتیین ها است. در این مقاله برای پیش بینی ساختار سوم پروتیین از الگوریتم ژنتیک و الگوریتم K-means استفاده شده است. در این روش یک توالی پروتیین به عنوان ورودی به الگوریتم داده می شود که خروجی آن بهترین تا خوردگی با حداقل انرژی کل تعاملات بین اسید آمینه ها می باشد.

Keywords:

پیش بینی ساختار سوم پروتیین , الگوریتم ژنتیک , مدل آب دوست-آب گریز , شبکه FCC سه بعدی , الگوریتم خوشه بندی K-means