بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو
Publish place: Veterinary Research & Biological Products، Vol: 30، Issue: 3
Publish Year: 1396
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 487
This Paper With 9 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- I'm the author of the paper
Export:
Document National Code:
JR_VTJ-30-3_004
Index date: 5 May 2018
بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو abstract
پروتیین BoLA-DQA ، ناحیه ای با چندشکلی بسیار بالا در کلاس MHC-II است که نقش مهمی در پاسخ های ایمنی، حساسیت و مقاومت به بیمار یها، واکسیناسیون و فاکتورهای تولیدی ایفا م یکند. در این مقاله جنبه های تغییرپذیری ساختاری و فیلوژنتیک لوکوس BoLA-DQA شناسایی شد. توالی پروتیینی آل لهای BoLA-DQA از پایگاه داد هها استخراج گردید. پلات تغییرپذیری برای 60 آلل با استفاده از روش آنتروپی پلات شانون از روی همردیفی توالی با الگوریتم ClustalW2 ترسیم و نواحی بسیار متغیر ) HVRs ( بررسی شد. سپس با همولوژی مدلینگ تحت تدابیر ویژه ساختارسوم پروتیین به دست آمده، بهینه سازی انرژی و اعتبار سنجی مدل انجام شد. نهایتا فیلوژنی، گروه بندی آللی و تخمین واگرایی تکاملی با استفاده از روش حداکثر درست نمایی انجام گرفت.جهت جستجوی مکاشفه ای درخت اولیه، الگوریت مهای Neighbor-Joining و BioNJ برای ماتریکس فاصله جفتی با مدل JTT به کار برده شد. هفت ناحیه HVR و تعدادی نواحی نیمه متغیر در آنالیز تغییر پذیری به دست آمد که متغیرترین، ناحیه آمینواسیدی 93 - 90 بود. این HVR ها در همه تحت ساختارها پس از همولوژی مدلینگ پروتیین BoLA-DQA )با اعتبار 5/ 97 ( قابل مشاهده بود. همچنین در آنالیز فیلوژنی، آل لها در پنج خوشه گروه بندی گردید. ارزیابی تکاملی درخت نشان داد که رد ههای آللی قدیمی تر 2103 * و 2602 * و جدیدتر احتمالا آلل 1204 *، 0302 * و 2207 * م یباشند. دستاوردهای مطالعه حاضر می تواند امر طراحی واکسن علیه بیمار یهای عفونی را تسهیل و از طریق پیش بینی فاکتورهای تولید بالا در گاو باعث تسهیل انتخاب شود.
بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو Keywords:
بررسی تغییرات ساختاری و فیلوژنتیک ناحیه DQA از MHC کلاس II گاو authors
محمدمهدی رنجبر
استادیار بخش تحقیق و تشخیص بیماری های باکتریایی طیور،موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران.
سعید عطایی کچویی
استادیار بخش تحقیق و تشخیص بیماری های باکتریایی طیور،موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران.
محمدحسن متدین
استادیار بخش تحقیق و تولید سرمهای درمانی، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران ایران.