انالیز کامپیوتری اپیتوپ های بی سل پوشش پروتیینی ویروس برگ بادبزنی مو

بیماری برگ بادبزنی مو Grapevine fanleaf virus جزو شایع ترین بیماری های ویروسی مو بوده و در بین متجاوز از 60 عامل ویروسی و شبه ویروسی که در مو شناسایی شده است جزو یکی از مخرب ترین آنها در سراسر دنیا محسوب شده و در ایران نیز گسترش چشمگیری دارد. بررسی تنوع پوششی پروتیینی این ویروس نشان داده است. که جدایه های ایرانی، در زیر شاخه فیلوژنتیکی مجزایی قرار دراند. در صورتی که تنوع موجود در اسید امینه های پوشش پروتیینی این ویروس باعث ایجاد اپیتوپ متفاوتی برای جدایه های ایرانی گردد، چالش برای یافتن آنتی بادی اختصاصی و تولید کیت ها الیزا جهت تشخیص دقیق و زودهنگام الودگی ویروسی امیدبخش تر خواهد بود. با این هدف، آنالیز تنوع جدایه های ویروس، در سطح اپیتوپ خطی به کمک یکی از مطمین ترین نرم افزارهای مربوطه انجام شد برای این منظور و با استفاده از داده های موجود در بانک اطلاعات Grapevine fanleaf virus، 558 توالی مربوط به پوشش پروتیینی GFLV جمع آوری شده و پس از انجام همردیفی بکمک نرم افزار Mega4 و ایجاد درخت فیلوژنتیکی برای تفکیک شاخه های متفاوت ویروس از همدیگر که بکمک نرم افزار Megalign انجام شد، شناسایی اپیتوپ های پیوسته با استفاده از سرور BCPREDS با سه روش متفاوت BCPred و FBCPred و AAP صورت گرفت. بررسی تنوع اپیتوپی سویه های ایرانی و خارجی و مقایسه آن، در شاخه های مختلف با استفاده از نرم افزار Excell صورت گرفت در نهایت از بین 30 توالی مربوط به سویه های ایرانی ویروس که توسط پنج گروه از محققان جمع آوری شده بود 20 توالی در یک شاخه فیلوژنتیکی تجمع یافتند که این امر وجود تفاوت نسبی سویه های ایرانی را نسبت به سویه های خارجی نشان داد در نهایت دو اپیتوپ خطی متفاوت و مختصص سویه های ایرانی توسط سرور BCPREDS شناسایی شد که می تواند مورد استفاده در تولید آنی بادی اختصاصی سویه قرار گیرد.