کشف مسیر در تعاملات پروتیین_پروتیین با استفاده از الگوریتم ژنتیک

پروتیین ها اکثر فرآیندهای زیستی در یک سلول زنده را اجرا و کنترل می نمایند. مسیرهای بیولوژیکی نقش بسیارمهمی در درک فعالیت های سلولی برعهده دارند. برای پیدا کردن این مسیرها، لازم است اتصالات بین پروتیین ها جهت دارگردد. برای بررسی شبکه ها، آنها را به صورت گراف مدلسازی می کنیم. رابطه برهمکنش بین پروتیین ها (رفتار یکپروتیین بر پروتیین دیگر در آینده اثر می گذارد) به صورت گراف وزندار غیرجهتدار است. در این مقاله روشی را پیشنهادمی کنیم که بتواند با جهت یابی شبکه برهمکنش پروتیین_پروتیین، کوتاه ترین مسیر بین پروتیین ها را پیدا کند. در اینمقاله، با استفاده از الگوریتم جستجوی اول عمق، مسیرهای بین پروتیین ها را در مخمر پیدا می کنیم، سپس مدل ریاضیمسیله با کمک الگوریتم ژنتیک با توجه به خصوصیات مسیله حل شد و بهترین مسیر را پیدا کردیم. نتایج حاصل ازشبیه سازی این الگوریتم و مقایسه آن با روشهای RLOS, MRS نشان میدهد که الگوریتم پیشنهادی ما از لحاظ مقدارتابع هدف و وزن مسیر راهحل مناسبی برای جهت یابی است. برای اولین بار این الگوریتم را در داده های مخمر تست شد وبا موفقیت چند مسیر سیگنالینگ بیولوژیکی کشف شد.

Keywords:

بیوانفورماتیک , شبکه های زیستی , برهمکنش های پروتیین _ پروتیین , الگوریتم ژنتیک