سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی مراز II در جداسازی گونه های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae

Publish place: IRANIAN JOURNAL OF PLANT PROTECTION SCIENCE، Vol: 49، Issue: 2
Publish Year: 1397
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 641

This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/864654

Document National Code:

JR_IJPPS-49-2_013

Index date: 10 June 2019

مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی مراز II در جداسازی گونه های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae abstract

در این پژوهش، 12 سویه بومی و 80 سویه از گونه های شناخته شده سه جنس Allophoma،Didymella  و Neodidymelliopsis گزینش شدند و در یک تجزیه و تحلیل تبارزایشی جهت هم­سنجی ناحیه های ژنی ITS، دومین D1 و D2 از زیرواحد بزرگ ژن ریبوزومی (D1/D2 LSU rDNA)، بتاتوبولین و RNA پلی مراز در جداسازی گونه ها استفاده شدند. ناحیه های ژنی سویه های بومی با به کارگیری DNA استخراج شده از زیست توده میسیلیومی خشک انجمادی شده تکثیر و توالی یابی شدند. تجزیه و تحلیل تبارزایشی با به کارگیری الگوریتم درست نمائی بیشینه انجام شد. ناحیه های D1/D2 LSU rDNA، ITS، rpb2 و tub2 به ترتیب 0، 20، 43 و 46 گونه از 61 گونه مربوط به سه جنس موردبررسی را جداسازی کردند. در تجزیه و تحلیل تبارزایشی ترکیب ناحیه های ژنی، همه توالی های ترکیبی (ITS-tub2، ITS-rpb2، tub2-rpb2، ITS-tub2-rpb2 و ITS-28S-tub2-rpb2) توانستند، نزدیک به 49 گونه از 61 گونه موردبررسی را جدا کنند. نتیجه ها نشان دادند که برای شناسایی و جداسازی دقیق گونه های Allophoma، Didymella و Neodidymelliopsis، توالی یابی و تجزیه و تحلیل تبارزایشی سه ناحیه ITS، tub2 و rpb2 در کنار بررسی های ریخت شناسی نیازین است. چنانچه به خاطر محدودیت های مالی یا زمانی در یک پژوهش، تنها تکثیر و توالی یابی یک ناحیه دلخواه باشد، ژنtub2  یا rpb2 بهترین نتایج را ارائه می کنند.

مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی مراز II در جداسازی گونه های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae Keywords:

تجزیه و تحلیل تبارزایشی , شناسایی گونه , فیلوژنی تک ژنی و چندژنی

مقایسه ناحیه های ژنی ITS، D1/D2 LSU rDNA، بتاتوبولین و RNA پلی مراز II در جداسازی گونه های Allophoma ،Didymella و Neodidymelliopsis از خانواده Didymellaceae authors

مهدی مهرابی کوشکی

استادیار بیماری شناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، استان خوزستان، ایران | مرکز تحقیقات بیوتکنولوژی و علوم زیستی، دانشگاه شهید چمران اهواز، اهواز، استان خوزستان، ایران

رضا فرخی نژاد

استاد بیماری شناسی گیاهی، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید چمران اهواز، استان خوزستان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
Ahmadpour, S. A., Mehrabi-Koushki, M. & Farokhinejad, R. (2017a). Neodidymelliopsis ...
Ahmadpour, S. A., Farokhinejad, R. & Mehrabi-Koushki, M. (2017b). Further ...
Ariyawansa, H. A., Hyde, K. D., Jayasiri, S. C., Buyck, ...
Aveskamp, M., de Gruyter, J., Woudenberg, J., Verkley, G. & ...
Babaahmadi, G., Mehrabi-Koushki, M. & Hayati J. (2017). Allophoma hayatii ...
Cannon, P. f., Damm, U., Johnston, P. R. & Weir, ...
Chen, Q., Jiang, J. R., Zhang, G. Z., Cai, L. ...
Chen, Q., Hou, L. W., Duan, W. J., Crous, P. ...
Crouse, J. & Amorese, D. (1987). Ethanol precipitation: ammoni um ...
de Gruyter, J., Aveskamp, M. M., Woudenberg, J. H., Verkley, ...
de Gruyter, J., Woudenberg, J. H., Aveskamp, M. M., Verkley, ...
De Gruyter, J., Woudenberg, J. H. C., Aveskamp, M. M., ...
Druzhinina, I. S., Kubicek, C. P., Komon-Zelazowska, M., Belayneh-Mulaw, T. ...
Hall, T. A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment ...
Hyde, K. D., Nilsson, R. H., Alias, S. A., Ariyawansa, ...
Hyde, K. D., Hongsanan, S., Jeewon, R., Bhat, D. J., ...
Jayawardena, R. S., Hyde, K. D., Damm, U., Cai, L., ...
Laurence, H. M., Summerell, B. A., Burgess, L. W. & ...
Liu, Y. J., Whelen, S. & Hall, B. D. (1999). ...
Manamgoda, D. S., Cai, L., McKenzie, E. H. C., Crous, ...
O’Donnell, K. (1993). Fusarium and ITS near relatives. In: Reynolds, ...
Raeder, U. & Broda, P. (1985). Rapid preparation of DNA ...
Short, D. P. G., O’Donnell, K., Thrane, U., Nielsen, K. ...
Sung, G. H., Sung, J. M., Hywel-Jones, N. L. & ...
Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. & Kumar, ...
Valenzuela-Lopez, N., Cano-Lira, J. F., Guarro, J., Sutton, D. A., ...
White, T. J., Bruns, T., Lee, S. & Taylor, J. ...
Wikee, S., Udayanga, D., Crous, P. W., Chukeatirote, E., McKenzie, ...
Woudenberg, J., Aveskamp, M., de Gruyter, J., Spiers, A. & ...
Woudenberg, J. H. C., Groenewald, J. Z., Binder, M. & ...
نمایش کامل مراجع