بررسی میزان اثر کروموزوم ها بر صحت درخت فیلوژنتیک

درختان فیلوژنتیک به طور گسترده ای برای مطالعات ژنتیکی و تکاملی در موجودات مختلف استفاده می شوند. درختان فیلوژنتیکی در بسیاری از مطالعات تکاملی برای نشان دادن شواهد در مورد روابط تکاملی بین موجودات موجود در داخل و یا درون موجودات، و برای مطالعه تکامل و نوآوری کاربردی ژن استفاده می شوند. تکنولوژی توالی یابی پیشرفته به طور قابل ملاحظه ای داده های موجود برای ساخت درخت های فیلوژنتیکی مبتنی بر پلی مورفیسم تک نوکلئوتید SNP را غنی کرده است. این مطاالعه به منظور بررسی اثر کروموزوم ها بر صحت درخت فیلوژنی بر اساس داده های SNP ی بود. بدین منظور از500 SNP 7250 راس گاو مربوط به سایت synbreed استفاده گردید. داده ها به کمک نرم افزار r و پکیج synbreedData استخراج گردید و مورد تجزیه تحلیل قرار گرفتند. روابط فیلوژنتیک بر اساس ماتریس فاصله انجام گرفت. ماتریس فاصله به کمک نرم افزار پلینک محاسبه شد. نتایج حاصل از مقایسه همبستگی بین ماتریس فاصله کل اسنیپ ها با فاصله تک تک کروموزوم ها نشان داد که همه ی کروموزوم ها با کل ژنوم همبستگی برابری دارند.

Keywords:

ماتریس فاصله , گاو , NJ , SNP