شناسایی تنوع تعداد کپی و تاثیرات آنها بر ژنهای شترهای تککوهانه ایرانی با استفاده از دادههای توالییابی کامل ژنوم
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 51، Issue: 2
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 234
This Paper With 7 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-51-2_003
تاریخ نمایه سازی: 8 اردیبهشت 1400
Abstract:
مطالعه حاضر بهمنظور شناسایی تنوع تعداد کپی و بررسی اثرات آنها بر ژنهای شترهای تککوهانه با استفاده از دادههای توالییابی کامل ژنومی دو نفر شتر ایرانی (شتر یزدی و شتر طرودی) انجام شد. توالییابی کامل ژنوم نمونههای یزدی و طرودی، به ترتیب حدود ۴۵۶ و ۸/۴۱۸ میلیون خوانش با اندازه ۱۰۰ جفتبازی تولید کرد. پس از همردیفی خوانشهای پالایش شده در ژنوم مرجع (شماره دسترسی در NCBI: GCA_۰۰۰۷۶۷۵۸۵.۱)، از الگوریتم مبتنی بر عمق خوانش، برای شناسایی تنوع تعداد کپیها استفاده شد. تنوع تعداد کپی شناساییشده برای نمونههای موردمطالعه برابر با ۸۳۱ برای شتر یزدی و ۳۱۲ برای شتر طرودی بود. نزدیک به ۶۰ درصد (۶۰۶ ژن برای شتر یزدی و ۲۸۸ ژن برای شتر طرودی) از تنوعات شناساییشده، با ژنها دارای تداخل بودند و ما بقی در نواحی خارج ژنی قرار داشتند. نتایج بهدستآمده نشان داد که ژنهای مهمی از جمله ژنهای دخیل در عملکرد سیستم ایمنی و مرگ سلولی برنامهریزیشده دارای تنوع تعداد کپی هستند. همچنین دو ژن مهم OOEP و WWC۳ که در عملکرد تولیدمثلی پستانداران نقش دارند، در نمونههای مورد مطالعه دارای تنوع تعداد کپی بودند.
Keywords:
Authors
رضا خلخالی ایوریق
دانشآموخته دکتری، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
نعمت هدایت ایوریق
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه محقق اردبیلی، اردبیل، ایران
حسن حافظیان
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
ایوب فرهادی
دانشیار، گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران
محمدرضا بختیاری زاده
دانشیار، گروه علوم دام و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، پاکدشت، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :